Nghị định số 14/2019/NĐ-CP cũng nêu rõ, người nộp thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt nhập khẩu được khấu trừ số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp ở khâu nhập khẩu bao gồm cả số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế khi xác định số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp bán ra trong nước.

Số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ tương ứng với số thuế tiêu thụ đặc biệt của hàng hóa nhập khẩu chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra và chỉ được khấu trừ tối đa bằng tương ứng số thuế tiêu thụ đặc biệt tính được ở khâu bán ra trong nước. 

Phần chênh lệch không được khấu trừ giữa số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp ở khâu nhập khẩu với số thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra trong nước, người nộp thuế được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

Nghị định 14/2019/NĐ-CP còn đặt ra các cơ chế riêng về khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt đối với các doanh nghiệp được phép sản xuất, pha chế xăng sinh học.

Theo đó, việc kê khai nộp thuế, khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt của các doanh nghiệp này được thực hiện tại cơ quan thuế địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính.

Số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học (bao gồm cả số thuế chưa được khấu trừ hết phát sinh kể từ kỳ khai thuế tháng 1/2016) được bù trừ với số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp của hàng hóa, dịch vụ khác phát sinh trong kỳ.

Trường hợp sau khi bù trừ, còn số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo hoặc hoàn trả.

Ngọc Hà