Thị trường Nhật Bản là một trong những thị trường được Agribank triển khai hợp tác sớm trên nhiều mặt từ năm 2015. Trong số 379 ngân hàng hoạt động tại thị trường Nhật Bản, Agribank hiện có quan hệ đại lý với 33 ngân hàng, gồm 14 ngân hàng bản địa và 19 chi nhánh ngân hàng nước ngoài tại Nhật Bản. Tổng thanh toán xuất nhập khẩu với thị trường Nhật Bản đều tăng (năm 2016 tăng 4,8%; năm 2017 tăng 27,8%), thể hiện tăng trưởng tốt. Đặc biệt, Agribank trở thành cầu nối quan trọng cho nông dân Việt Nam tiếp cận với công nghệ chất lượng cao, hiện đại và tiên tiến trên thế giới, mở ra cơ hội phát triển nông nghiệp sạch, sản xuất hàng hóa tập trung, quy mô lớn, ứng dụng công nghệ cao trong nông nghiệp, nông thôn tại Việt Nam bằng việc hợp tác với Tập đoàn Yanmar của Nhật Bản. Dự án “Yanmar  - Agribank, công nghệ Nhật cho nông dân Việt” nhằm đưa máy nông nghiệp có chất lượng cao đến với người nông dân góp phần đẩy nhanh cơ giới hóa nông nghiệp, nâng cao chất lượng nông sản, hiệu quả sản xuất và xây dựng một nền nông nghiệp xanh, sạch, ứng dụng công nghệ cao trong sản xuất. Yanmar là doanh nghiệp đứng thứ hai của Nhật Bản hoạt động trong lĩnh vực sản xuất, cung ứng thiết bị, máy móc phục vụ nông nghiệp, máy thủy, động cơ tàu biển, có trên 100 năm kinh nghiệm về sản xuất máy móc nông nghiệp, cung cấp sản phẩm cho 190 quốc gia trên thế giới. 

 Agribank và Tập đoàn Yanmar (Nhật Bản) ký kết Thỏa thuận hợp tác