Về cơ cấu tổ chức, công ty cổ phần Vận tải đường sắt sẽ gồm 8 phòng, 17 chi nhánh trực thuộc và cơ sở tại TP.Hồ Chí Minh với 4 Chi nhánh Toa xe, 2 Chi nhánh Đoàn tiếp viên đường sắt và 11 Chi nhánh Vận tải đường sắt.

Trụ sở công ty cổ phần Vận tải đường sắt đặt tại địa chỉ 130 đường Lê Duẩn (phường Nguyễn Du, Quận Hai Bà Trưng, TP.Hà Nội).

Bộ máy lãnh đạo công ty gồm Hội đồng quản trị có 5 thành viên do ông Đỗ Văn Hoan làm Chủ tịch HĐQT; Ban điều hành có 5 thành viên do ông Đào Anh Tuấn làm Tổng Giám đốc.

Sự kiện công ty cổ phần Vận tải đường sắt chính thức đi vào hoạt động đánh dấu sự thay đổi lớn đối với vận tải đường sắt nhằm nâng cao hiệu quả sản xuât kinh doanh vận tải đường sắt, giảm chi phí, giảm giá thành vận tải.

Tập trung nguồn lực, tài chính, phương tiện vận tải để tăng cường năng lực cạnh tranh, nâng cao hiệu quả quản trị doanh nghiệp, tăng khả năng huy động vốn cho các kế hoạch phát triển vận tải đường sắt.

Trước mắt, công ty sẽ nỗ lực thực hiện đạt và vượt các chỉ tiêu Đại hội đồng cổ đông giao, hoàn thành nghĩa vụ nộp ngân sách Nhà nước.

Từng bước nâng cao việc làm, đời sống cho người lao động. Tập trung nâng cao năng lực cạnh tranh, phấn đấu từng bước mở rộng thị phần vận tải đường sắt cả về hành khách, hàng hoá.

Bên cạnh hoạt động kinh doanh vận tải đường sắt, công ty sẽ tập trung phát triển kinh doanh các dịch vụ hỗ trợ để gia tăng giá trị sản phẩm, tăng doanh thu tạo thêm việc làm cho người lao động.

Công ty cũng sẽ nỗ lực trong việc bảo toàn vốn và tài sản của doanh nghiệp, đảm bảo lợi nhuận và tỷ suất lợi nhuận trên vốn của doanh nghiệp theo Nghị quyết Đại hội đồng cổ đông Công ty.

Đối với các cổ đông của hai công ty cổ phần Vận tải Đường sắt Hà Nội, Sài Gòn trước đây sẽ trở thành cổ đông của công ty Cổ phần Vận tải đường sắt.

Ngoài việc được hưởng những lợi ích gia tăng từ việc hợp nhất mang lại, các cổ đông sẽ thuận lợi trong việc tìm hiểu, đánh giá chuyên sâu đối với hiệu quả hoạt động của công ty cổ phần Vận tải đường sắt và thị trường vận tải đường sắt.