Theo đó, Công ty TNHH Vé máy bay trực tuyến ABAY (Công ty ABAY) được thành lập từ năm 2012, tổng số vốn điều lệ là 4 tỷ đồng. Đại diện pháp luật là ông Phạm Tuấn Nam – Giám đốc và bà Nguyễn Huyền Linh Hương - Chủ tịch HĐTV.

Kết luận Thanh tra của Cục Thuế TP Hà Nội chỉ ra, công ty này đã có một số vi phạm, tồn tại liên quan đến kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và xuất hóa đơn GTGT.

Trong đó, liên quan đến thuế GTGT, Công ty ABAY đã kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hợp đồng mua hàng hóa dịch vụ của doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (hóa đơn trước thời điểm cơ quan thuế ban hành thông báo người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký); kê khai khấu trừ trùng hóa đơn mua hàng; kê khai khấu trừ thuế GTGT của chi phí không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh; kê khai doanh thu tính thuế GTGT sai kỳ.

Về thuế TNDN, Công ty ABAY đã hạch toán chi phí của hoá đơn mua hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (hóa đơn trước thời điểm cơ quan thuế ban hành thông báo người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký); hạch toán chi phí khấu hao TSCĐ không đúng quy định, hạch toán chi phí không phục vụ sản xuất kinh doanh;hạch toán doanh thu, giá vốn sai thời điểm, chưa hạch toán thu nhập khác đối với các khoản công nợ không xác định được đối tượng.

Về việc xuất hóa đơn GTGT, Công ty ABAY đã xuất hóa đơn sai kỳ đối với 4 hóa đơn xuất GTGT. Đồng thời, tại thời điểm thanh tra, qua tra soát theo dữ liệu hóa đơn điện tử đầu vào, tra cứu công cụ hỗ trợ (hệ thống TMS), Cục Thuế TP Hà Nội phát hiện có 1 số hóa đơn mua hàng của 1 doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào chưa thuế là 16 triệu đồng, tiền thuế GTGT đã kê khai khấu trừ là 1,6 triệu đồng.

Công ty ABAY đã có công văn đề nghị loại chi phí và giảm khấu trừ thuế của hóa đơn đầu vào mua của doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký trên. Cục thuế TP Hà Nội cũng ghi nhận theo nội dung đề nghị của công ty này và thực hiện điều chỉnh giảm chi phí đã hạch toán trong kỳ và thuế GTGT đã kê khai khấu trừ tương ứng.

Với những vi phạm, tồn tại nói trên, Cục Thuế TP Hà Nội đã yêu cầu Công ty ABAY chấn chỉnh và điều chỉnh số liệu kê khai, điều chỉnh sổ sách kế toán và các tài khoản có nội dung liên quan ngay sau khi nhận được biên bản, Kết luận thanh tra để làm cơ sở kê khai, hạch toán.

Bên cạnh đó, đơn vị thanh tra cũng kiến nghị xử phạt tiền Công ty ABAY hơn 231 triệu đồng do các hành vi kê khai sai dẫn đến thiếu tiền thuế phải nộp và lập 4 hóa đơn không đúng thời điểm,  theo quy định của pháp luật về hóa đơn bán hàng, cung ứng dịch vụ.

Cùng với đó, công ty này còn bị truy thu số tiền hơn 1,026 tỷ đồng và tiền chậm nộp thuế số tiền 95 triệu đồng. Tổng số tiền thuế truy thu, tiền phạt và tiền chậm nộp là hơn 1,3 tỷ đồng.