Tám bị cáo phải ra hầu tòa trong vụ án này gồm: Nguyễn Đức Thái (SN 1962, cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên Nhà xuất bản Giáo dục) bị Viện KSND Tối cao truy tố về tội "Nhận hối lộ" theo quy định tại Điều 354, khoản 4, điểm a, b - Bộ luật Hình sự; hai bị cáo Tô Mỹ Ngọc (SN 1980, cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Phùng Vĩnh Hưng, Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Giám đốc kinh doanh Công ty CP) và Nguyễn Trí Minh (SN 1975, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Giấy Minh Cường Phát, gọi tắt là Công ty Minh Cường Phát) cùng bị truy tố về tội "Đưa hối lộ" theo quy định tại Điều 364, khoản 4 - Bộ luật Hình sự.

Năm bị cáo còn lại là các cựu lãnh đạo, nhân viên Nhà xuất bản Giáo dục gồm: Nguyễn Thị Thanh Thủy (SN 1967, cựu Trưởng Ban Kế hoạch Maketing), Đinh Quốc Khánh (SN 1970, Phó trưởng Phòng in, Phát hành Nhà xuất bản Giáo dục Hà Nội - thời điểm phạm tội đang làm việc tại Nhà xuất bản Giáo dục), Phạm Gia Thạch (SN 1971, thành viên Hội đồng thành viên), Hoàng Lê Bách (SN 1966) và Lê Hoàng Hải (SN 1969, đều là Phó Tổng Giám đốc) đều bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 222, khoản 3 - Bộ luật Hình sự.

Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, từ năm 2017, với tư cách là Chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm đại diện pháp luật của Nhà xuất bản Giáo dục, Nguyễn Đức Thái đã chỉ đạo thực hiện việc đấu thầu giấy in sai quy định theo đề nghị của Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh.

Cụ thể, Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh lựa chọn mua sắm giấy in theo phương thức chào hàng cạnh tranh rút gọn, trái quy định của Luật Đấu thầu để hạn chế sự tham gia của các nhà thầu có năng lực. Đồng thời, tiết lộ thông tin trước khi phát hành hồ sơ yêu cầu, thông đồng và hợp thức hóa thủ tục đấu thầu để tạo điều kiện cho Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Công ty Minh Cường Phát được cung cấp giấy in cho Nhà xuất bản Giáo dục. Trong quá trình thực hiện các gói thầu, Nguyễn Đức Thái đã nhận hối lộ của hai nhà thầu Phùng Vĩnh Hưng và Minh Cường Phát, với tổng số tiền 24,9 tỷ đồng.

Từ năm 2018 đến năm 2021, các công ty của Ngọc tham gia và trúng 10 gói thầu, tổng trị giá 1.593 tỷ đồng. Sau khi được Thái giúp đỡ, trúng thầu và ký hợp đồng, Ngọc đều đặn đưa 4 tỷ đồng một năm để cảm ơn Thái. Ngoài ra, Ngọc còn biếu tiền Thái vào dịp lễ, Tết... Tổng cộng, Thái nhận hối lộ từ Ngọc 20 tỷ đồng và giúp nhóm công ty của Ngọc trúng 13 gói thầu, tổng trị giá hơn 2.100 tỷ đồng.

Đối với Nguyễn Trí Minh cũng đề nghị và được Thái đồng ý tạo điều kiện cho Công ty Minh Cường Phát được tiếp tục cung cấp giấy cho Nhà xuất bản Giáo dục từ năm 2017. Sau đó, Công ty Minh Cường Phát được đưa vào danh sách tham dự và trúng một gói thầu; đổi lại, Minh biếu Thái 400 triệu đồng.

Để được trúng các gói thầu tiếp theo, bị cáo Minh còn nhiều lần đưa hối lộ cho bị cáo Thái với tổng số tiền hơn 4 tỷ đồng. Nhờ vậy, Công ty Minh Cường Phát được trúng 5 gói thầu của Nhà xuất bản Giáo dục, tổng trị giá hơn 200 tỷ đồng.