Theo Bộ Y tế, quy định bắt buộc áp dụng hệ thống quản lý chất lượng đã được nêu rõ trong Luật an toàn thực phẩm và Nghị định 15/2018/NĐ-CP. Khoản 4 Điều 4 Luật an toàn thực phẩm có quy định về chính sách của Nhà nước về an toàn thực phẩm: Thiết lập khuôn khổ pháp lý và tổ chức thực hiện lộ trình bắt buộc áp dụng hệ thống thực hành sản xuất tốt (GMP), thực hành nông nghiệp tốt (GAP), thực hành vệ sinh tốt (GHP), phân tích nguy cơ và kiểm soát điểm tới hạn (HACCP) và các hệ thống quản lý an toàn thực phẩm tiên tiến khác trong quá trình sản xuất, kinh doanh thực phẩm. Điều 28 Nghị định 15/2018/NĐ-CP quy định áp dụng GMP đối với cơ sở sản xuất thực phẩm bảo vệ sức khỏe.

Đối với quy định về hệ thống quản lý chất lượng sản phẩm, đến nay chỉ mới bắt buộc áp dụng thực hành sản xuất tốt (GMP) đối với cơ sở sản xuất thực phẩm bảo vệ sức khỏe (Điều 28 Nghị định số 15/2018/NĐ-CP).

Một số nhóm sản phẩm thực phẩm có mức độ rủi ro cao về an toàn thực phẩm đối với người sử dụng như: Thực phẩm dinh dưỡng y học dùng cho mục đích y tế đặc biệt, sản phẩm dinh dưỡng dùng cho trẻ đến 36 tháng tuổi, thực phẩm bổ sung (sữa công thức dành cho trẻ nhỏ, người già)… hiện vẫn chỉ phải áp dụng "Điều kiện bảo đảm an toàn thực phẩm" như hầu hết các nhóm sản phẩm thực phẩm thông thường khác. Những cơ sở nhập khẩu các nhóm thực phẩm có mức độ rủi ro cao nêu trên hiện nay "không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm" (Điểm d khoản 1 Điều 12 Nghị định 15/2018/NĐ-CP). Quy định này gây khó khăn cho công tác hậu kiểm, nhất là yêu cầu truy xuất đối hàng hóa nhập khẩu.

Theo Bộ Y tế, công tác thống kê, rà soát các cơ sở được cấp giấy chứng nhận GMP, ISO 22000, FSC, HACCP hoặc tương đương gặp khó khăn. Mặt khác, chưa có văn bản quy phạm pháp luật quy định về việc quản lý an toàn thực phẩm tương ứng đối với các cơ sở đã được cấp Giấy chứng nhận thực hành sản xuất tốt (GMP), hệ thống phân tích mối nguy và điểm kiểm soát tới hạn (HACCP), hệ thống quản lý an toàn thực phẩm ISO 22000, tiêu chuẩn thực phẩm quốc tế (FS), tiêu chuẩn toàn cầu về an toàn thực phẩm (BRC), chứng nhận hệ thống an toàn thực phẩm (FSSC 22000) hoặc tương đương còn hiệu lực. 

Với mục tiêu xây dựng và duy trì hệ thống để đảm bảo tất cả các sản phẩm thực phẩm đều an toàn cho người tiêu dùng và không gây hại đến sức khỏe; đảm bảo tổ chức tuân thủ các quy định pháp lý, tiêu chuẩn quốc gia và quốc tế liên quan đến an toàn thực phẩm, như HACCP, ISO 22000… và các quy định cụ thể của từng quốc gia, khu vực và quốc tế, Bộ Y tế đề xuất giải pháp bắt buộc áp dụng hệ thống quản lý chất lượng GMP đối với thực phẩm bảo vệ sức khỏe; áp dụng HACCP hoặc ISO 22000 hoặc tương đương đối với: Thực phẩm dinh dưỡng y học dùng cho mục đích y tế đặc biệt; sản phẩm dinh dưỡng dùng cho trẻ đến 36 tháng tuổi; thực phẩm bổ sung.

Các cơ sở khác phải được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm do cơ quan có thẩm quyền cấp.

Bộ Y tế cho biết, khi các quy định an toàn thực phẩm được áp dụng hiệu quả, sẽ giảm số lượng các vụ ngộ độc thực phẩm và bệnh tật liên quan đến thực phẩm. Điều này làm giảm gánh nặng tài chính cho hệ thống y tế công cộng, giảm chi phí điều trị bệnh và chăm sóc sức khỏe.

Môi trường an toàn và ổn định trong ngành thực phẩm làm tăng sự tin tưởng của nhà đầu tư và doanh nghiệp. Điều này có thể dẫn đến việc tăng cường đầu tư vào ngành chế biến thực phẩm và mở rộng quy mô sản xuất, từ đó tạo ra việc làm và thúc đẩy tăng trưởng kinh tế.

Việc tuân thủ các tiêu chuẩn quốc tế về an toàn thực phẩm giúp các sản phẩm thực phẩm của quốc gia có cơ hội gia nhập thị trường quốc tế dễ dàng hơn. Điều này có thể làm tăng xuất khẩu, cải thiện cán cân thương mại và tạo ra nguồn thu nhập bổ sung cho nền kinh tế quốc gia.

Các quy định rõ ràng và hệ thống quản lý chất lượng giúp Nhà nước quản lý hiệu quả hơn các hoạt động liên quan đến thực phẩm. Điều này dẫn đến việc sử dụng tài nguyên và ngân sách công một cách hợp lý hơn, và cải thiện năng suất trong các hoạt động kiểm tra và giám sát.

Tuy nhiên, theo Bộ Y tế, để đảm bảo tính thống nhất và công bằng, khi công bố chấp nhận một bộ tiêu chuẩn, quy chuẩn, các cơ quan có thẩm quyền phải triển khai đánh giá sự tương đương/phù hợp của bộ nguyên tắc, tiêu chuẩn này so với nguyên tắc, tiêu chuẩn thực hành tốt tương ứng của Tổ chức Y tế thế giới, như vậy, đòi hỏi phải có kinh phí, nhân lực có trình độ chuyên môn cao.

Theo Bộ Y tế, việc tuân thủ GMP giúp nâng cao uy tín của doanh nghiệp, tạo niềm tin cho khách hàng, đối tác và thị trường. Các sản phẩm có chứng nhận GMP thường được coi là có chất lượng cao và đáng tin cậy, từ đó tăng cường thương hiệu của doanh nghiệp. Hiện nay, nhiều quốc gia và khu vực yêu cầu các sản phẩm nhập khẩu phải tuân thủ các tiêu chuẩn GMP. Do đó, việc áp dụng GMP giúp doanh nghiệp mở rộng thị trường quốc tế, tăng khả năng xuất khẩu và cạnh tranh toàn cầu.