Tối 11/9, do ảnh hưởng của mưa lũ tại miền Bắc gây ngập đường sắt tại khu vực Phủ Lý (tỉnh Hà Nam), ngành đường sắt đã phải hủy chạy các đoàn tàu xuất phát tại ga Hà Nội gồm: SE1 (Hà Nội - Sài Gòn), SE3 (Hà Nội - Sài Gòn), SE19 (Hà Nội - Đà Nẵng), NA1 (Hà Nội - Nghệ An).

Đến ngày 12/9, tuyến đường sắt Bắc - Nam đã hoạt động bình thường trở lại. Các mác tàu Thống nhất tiếp tục khai thác theo kế hoạch, ngoại trừ tàu SE20 xuất phát Đà Nẵng ngày 12/9 sẽ được bãi bỏ.

Hành khách không đi tàu nói trên được trả lại vé, không thu phí đổi trả vé hoặc bố trí đi tàu khác nếu có nhu cầu. 

Từ ngày 12/9, ngành đường sắt đã tạm ngừng chạy một số đoàn tàu trên tuyến Hà Nội - Hải Phòng. Hàng ngày sẽ khai thác 4 chuyến tàu trên tuyến.

Buổi sáng ngừng chạy tàu HP1 xuất phát ga Gia Lâm và LP2 xuất phát ga Hải Phòng; buổi chiều ngừng chạy tàu LP7 xuất phát ga Gia Lâm và tàu HP2 xuất phát ga Hải Phòng.

Các đoàn tàu LP3, LP6, LP8, LP5 sẽ xuất phát và kết thúc hành trình tại ga Gia Lâm (không di qua cầu Long Biên). 

Ngoài ra Các đoàn tàu SP3, SP4 tuyến Hà Nội - Lào Cai vẫn tạm ngừng đến hết ngày 15/9 cho đến khi có thông báo mới.

Để đảm bảo quyền lợi cho hành khách có vé tàu bị bãi bỏ, quý khách có thể trả vé tại các nhà ga sau ngày tàu chạy tối đa 30 ngày và không mất phí trả vé.