Theo Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên, với chức trách Giám đốc Sở Tài chính, ông Đỗ Duy Vinh đã tham mưu cho ông Phạm Đình Cự, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên trước đây ký Thông báo số 13/TB-UBND ngày 7/1/2013 cho phép Công ty CP Pymepharco chuyển nhượng quyền sử dụng đất thửa số 76, tờ bản đồ số 8, ô phố A2 đường Hùng Vương, phường 5, TP Tuy Hòa thuộc trường hợp nhà nước phải thu hồi.

Hành vi này là trái pháp luật (Luật Đất đai 2003; Luật Đầu tư 2005; và Quyết định số 1714/QĐ-UBND ngày 18/9/2007 của UBND tỉnh Phú Yên), gây thất thoát tài sản nhà nước hơn 10,1 tỷ đồng.

Cụ thể, vào năm 2005, UBND tỉnh Phú Yên có chủ trương cho phép Công ty Dược vật tư y tế Phú Yên - sau này là Công ty CP Pymepharco, lập dự án đầu tư Trung tâm Thương mại- Dược phẩm - Y tế Phú Yên.

Đến tháng 2/2007, UBND tỉnh Phú Yên có văn bản chấp thuận điều chỉnh thành Trung tâm Kinh doanh Dược, mỹ phẩm - Dịch vụ y tế Phú Yên. Ngày 18/9/2007, UBND tỉnh Phú Yên quyết định thu hồi, chuyển mục đích sử dụng và giao đất không thông qua đấu giá 1.183m2 tại A2 đường Hùng Vương, phường 4, TP Tuy Hòa cho Pymepharco thời hạn 70 năm, với số tiền gần 3,6 tỷ đồng.

Sau đó, Pymepharco được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp “sổ đỏ” lô đất nêu trên vào đầu năm 2008 và đã thế chấp cho một chi nhánh ngân hàng. Đến tháng 9/2010 sử dụng “sổ đỏ” này góp vốn vào Công ty CP Xuất nhập khẩu Dược Phú Yên, sau đó xóa tên góp vốn vào đầu tháng 7/2013.

Từ văn bản đề nghị của Sở Tài chính tỉnh Phú Yên, tháng 1/2013, UBND tỉnh Phú Yên có thông báo cho phép Pymepharco chuyển nhượng lô đất A2 cho Ngân hàng Vietcombank với giá 16 tỷ đồng để tổ chức tín dụng này xây dựng trụ sở làm việc trong thời hạn 50 năm.

Trong hợp đồng chuyển nhượng xác định giá trị tài sản trên đất bằng 0, nghĩa là từ khi được giao đất không thông qua đấu giá cho đến khi chuyển nhượng, Pymepharco chưa xây dựng một hạng mục nào trên lô đất A2. Theo đó, Pymepharco chỉ “vẽ” dự án trên giấy để được giao đất có thu tiền sử dụng đất không thông qua đấu giá rồi chuyển nhượng lại giá trị chênh lệnh gần 12,4 tỷ đồng.