Theo trình bày của các Phật tử chùa Phù Dung, đây là một ngôi chùa cổ, thuộc hệ phái Bắc tông. Năm 1975, Thượng tọa Thích Nhựt Quang (dòng Lâm Tế Gia Phổ đời 41) về trụ trì. Thượng tọa đã cho trùng tu ngôi chùa trở thành danh thắng lịch sử của vùng đất du lịch nổi tiếng Hà Tiên. Năm 2011 trước khi qua đời Thượng tọa Thích Nhựt Quang đã lập tờ di chúc truyền thừa kế cho đệ tử là Giang Văn Khép (Pháp Đại Đức Thích Minh Luận) quản lý và trụ trì ngôi chùa. Nhưng sau khi Thượng tọa Thích Nhựt Quang qua đời, Hội Phật Giáo tỉnh Kiên Giang không cho Đại đức Thích Minh Luận được nhận sự truyền thừa theo di chúc mà đã cử Đại đức Thích Huệ Tâm về cai quản ngôi chùa. Sau khi về cai quản, Đại đức Thích Huệ Tâm đã đuổi hết các Phật tử chùa Phù Dung, không cho họ sinh hoạt tín ngưỡng, có những hành vi xâm phạm và hủy hoại rất nghiêm trọng di tích lịch sử văn hóa chùa Phù Dung. Cụ thể là đã đốn cây Sao ở chùa đã có khoảng 300 năm tuổi; phá các tượng phật cũ trong chùa thay tượng phật mới; phá bàn thờ Bà Phù Dung cũ thay bàn thờ mới; phá 3 bức tượng Ngọc Hoàng trong Điện Ngọc Hoàng thay tượng mới; bỏ phật đồng trên bàn thờ đưa phật khác vào; đập phá chánh điện, dẹp bỏ phật cổ xưa thay vào phật Trung Quốc là xóa đi di tích thời nhà Nguyễn năm 1730, đặc biệt là tượng phật Quan Âm to lớn trước cửa chùa bị dẹp bỏ; phá tháp (mộ) và phá hệ thống tường cũ thay tường mới...Theo Kết luận Thanh tra của Sở Văn hóa – Thể thao và Du lịch tỉnh Kiên Giang: Việc xây dựng chùa của ông Nguyễn Phước Thành (Thích Huệ Tâm) là trái với quy định của pháp luật về di sản văn hóa. Bởi vì căn cứ Quyết định số 18/2004/QĐ-UB ngày 07/4/2004 của Chủ tịch UBND tỉnh Kiên Giang, chùa Phù Dung được công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp tỉnh thuộc thẩm quyền quản lý nhà nước về di sản văn hóa của Chủ tịch UBND tỉnh Kiên Giang. Mọi hoạt động tu sửa, xây dựng, trùng tu, tôn tạo di tích phải được chấp thuận của Chủ tịch UBND tỉnh Kiên Giang. Phần xây dựng của ông Nguyễn Phước Thành nằm trong khu vực bảo vệ I (khu vực bảo vệ I là vùng có các yếu tố gốc cấu thành di tích) và bảo vệ II của di tích (khu vực bảo vệ II là vùng bao quanh hoặc tiếp giáp khu vực bảo vệ I) là trái phép vì chưa được sự chấp thuận của Chủ tịch UBND tỉnh Kiên Giang. Hành vi của ông Nguyễn Phước Thành đã vi phạm Điểm b, Khoản 04, Điều 34 Luật Di sản văn hóa với hành vi làm thay đổi yếu tố gốc của di sản văn hóa; và Điểm b, Khoản 02, Điều 35 với hành vi trùng tu, tôn tạo di tích lịch sử văn hóa mà không có văn bản đồng ý của cơ quan nhà nước có thẩm quyền tại Nghị định số 75/2010/CP-CP ngày 12/7/2010 của Chính phủ về xử phạt hành chính trong hoạt động văn hóa. Chánh Thanh tra Sở đã ban hành quyết định phạt 30.000.000đ. Đồng thời buộc khôi phục lại trạng thái ban đầu.

Tuy nhiên, cho đến nay ông Nguyễn Phước Thành và Ban trụ trì chùa Phù Dung vẫn chưa khôi phục lại trạng thái ban đầu cho chùa Phù Dung. Chính vì vậy, các phật tử vẫn gửi đơn tố cáo gay gắt ông Nguyễn Phước Thành có hành vi chiếm đoạt chùa, xâm phạm rất nghiêm trọng di tích lịch sử văn hóa, có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự quy định tại Điều 246 về hành vi xâm phạm mồ mả và Điều 272 về hành vi vi phạm các quy định về bảo vệ và sử dụng di tích lịch sử văn hóa.

Có thể thấy, khởi nguồn của những phức tạp xảy ra tại chùa Phù Dung bắt đầu từ việc di chúc của Thượng tọa Thích Nhựt Quang (truyền thừa cho đệ tử là Giang Văn Khép - Pháp danh Đại Đức Thích Minh Luận quản lý và trụ trì ngôi chùa Phù Dung) đã không được thực hiện. Trong đơn thư gửi đi các cơ quan chức năng của các phật tử đề nghị việc bổ nhiệm trụ trì chùa Phù Dung trước tiên cần phải tôn trọng hệ phái Tôn giáo dòng Lâm Tế Gia Phổ. Vì ngôi chùa này đã truyền thừa đến đời thứ 41 nên cần tôn trọng truyền thống, quy ước này, rất cần thiết bổ nhiệm Thầy Thích Minh Luận làm trụ trì chùa Phù Dung vì hợp với tâm nguyện, mong mỏi của đông đảo phật tử. Bên cạnh đó, các phật tử cũng đề nghị không thể để Đại đức Thích Huệ Tâm tiếp tục trụ trì chùa Phù Dung vì đã có những sai phạm nghiêm trọng như đã nêu. Theo Phật pháp, sư trụ trì được giáo hội phật giáo bổ nhiệm nhưng phải được các phật tử ủng hộ, không được để xảy ra mâu thuẫn với phật tử, người dân địa phương.