Cụ thể, phương án thứ nhất theo báo cáo tiền khả thi dự án đường sắt tốc độ cao đã trình Chính phủ năm 2019. Phương án này áp dụng cho đường sắt tốc độ cao chỉ chở khách, tốc độ khai thác tối đa khoảng 320km/h.

Hướng tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam đi qua địa phận Hà Nội có điểm đầu tại tổ hợp ga Ngọc Hồi; qua vành đai và đường sắt vành đai phía Tây; qua các huyện Thường Tín, Phú Xuyên về phía tây tuyến cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ.

Sau khi vượt qua tuyến nối cao tốc Tây Bắc với Quốc lộ 5B, đường sắt tốc độ cao rẽ trái, vượt cao tốc Pháp Vân, đi về phía đông, cùng hành lang tuyến cao tốc và sang địa phận tỉnh Hà Nam.

Nhà ga đầu tuyến được bố trí tại ga Ngọc Hồi (xã Liên Ninh, huyện Thanh Trì) và depot (khu bảo dưỡng, sửa chữa đặt tại huyện Thường Tín).

Đánh giá của Tư vấn lập dự án, phương án trên đồng bộ với các quy hoạch liên quan của thành phố Hà Nội và quy hoạch mạng lưới đường sắt, đảm bảo kết nối hướng tuyến qua Hà Nam.

Tư vấn dự án đề xuất Hà Nội giữ nguyên hướng tuyến như đã thống nhất với Bộ GTVT, điểm đầu tuyến tại ga Ngọc Hồi.

Tuy nhiên Tư vấn đề nghị xem xét khai thác tàu tốc độ thấp đi đến ga Hà Nội (theo quy hoạch ga Hà Nội là ga đường sắt đô thị) để tăng hiệu quả của dự án đường sắt tốc độ cao. Đồng thời di dời depot Thường Tín về tổ hợp Ngọc Hồi để thuận tiện bảo dưỡng, sửa chữa tàu.

Đối với phương án thứ hai do Tư vấn thẩm tra dự án đường sắt tốc độ cao đề xuất với mục tiêu nghiên cứu bổ sung tuyến đường sắt tốc độ cao khai thác cả tàu hàng và tàu khách, tốc độ thiết kế 200km/h - 250km/h.

Từ ga Ngọc Hồi, đường sắt tốc độ cao Bắc Nam khi đến tuyến nối cao tốc Tây Bắc với Quốc lộ 5B sẽ đi thẳng để sang địa phận tỉnh Hà Nam.

Tư vấn thẩm tra đề xuất ga chính Ngọc Hồi (xã Liên Ninh, huyện Thanh Trì) và ga Ngọc Hồi 2 (xã Phương Dực, huyện Phú Xuyên) để kết nối sân bay thứ hai của Hà Nội trong tương lai. Tích hợp chung ga hành khách và ga hàng hóa để kết nối hệ thống logistic phía Bắc.

Với phương án này, đơn vị tư vấn lập dự án nhận định “không hiệu quả, làm tăng chi phí đầu tư”. Vị trí sân bay thứ hai của Hà Nội chưa được xác định cụ thể trong Quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng hàng không, sân bay toàn quốc nên việc kết nối qua nhà ga Ngọc Hồi 2 chưa khả thi.

Tuy nhiên việc bố trí khoảng cách giữa hai ga là 14km sẽ không hiệu quả, ảnh hưởng tới khai thác tuyến đường sắt và làm tăng chi phí đầu tư của dự án. Đồng thời vị trí sân bay thứ hai của Hà Nội chưa được xác định cụ thể trong quy hoạch nên việc kết nối chưa có tính khả thi cao.

Qua nghiên cứu rà soát hướng tuyến, liên danh tư vấn kiến nghị giữ phương án hướng tuyến như đã thống nhất với Bộ GTVT năm 2018.

Đơn vị cũng đề xuất xem xét phương án tổ chức khai thác chạy tàu để đường sắt tốc độ cao có thể vào đến ga Hà Nội, xem xét di dời depot Thường Tín về khu tổ hợp Ngọc Hồi. 

Sau khi có ý kiến của Hà Nội về phương án hướng tuyến, vị trí các nhà ga, Bộ GTVT sẽ hoàn thiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam. Dự kiến trình Chính phủ trong tháng 9, phê duyệt chủ trương đầu tư trước năm 2025.