Theo đó, một số quy định và cấp chứng nhận hợp quy về công bố hợp quy đối với sản phẩm thực phẩm chưa phù hợp với thực tiễn (giai đoạn 2010-2017) vì số lượng sản phẩm thực phẩm nhiều nhưng số lượng Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia còn ít; điều kiện sản xuất, kinh doanh chưa sát đối với hộ sản xuất nhỏ lẻ (tuy sản xuất nhỏ lẻ nhưng cung cấp một khối lượng thực phẩm rất lớn cho nhu cầu của xã hội nếu không chú ý quản lý đối tượng này sẽ dẫn đến nguy cơ ngộ độc thực phẩm và các bệnh truyền qua thực phẩm rất lớn).

Bên cạnh đó, Luật an toànn thực phẩm năm 2010 còn thiếu quy định về quản lý như: Quy định về chỉ tiêu an toàn thực phẩm đối với thực phẩm có nguồn gốc thực vật còn thiếu, chưa đồng bộ để phù hợp với tình hình thực tế hiện nay;

Quy định về phân cấp trong điều tra ngộ độc thực phẩm; quy định về thu hồi Giấy tiếp nhận bản công bố hợp quy/đăng ký bản công bố sản phẩm chưa ban hành quy chuẩn kỹ thuật địa phương về chất lượng nước sạch sử dụng cho mục đích sinh hoạt;

Thiếu văn bản quy định về đảm bảo nguồn lực để thực hiện các mục tiêu, chỉ tiêu về an toàn thực phẩm; thiếu tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật đối với các sản phẩm truyền thống của địa phương như tinh bột nghệ, dụng cụ ăn uống bằng tre và mo cau, men rượu...

Do lĩnh vực an toàn thực phẩm rộng, liên quan đến nhiều quy định của nhiều văn bản pháp luật khác nhau nên một số quy định hướng dẫn Luật an toàn thực phẩm còn chưa đồng bộ.

Bộ Y tế nêu: Quy định việc quản lý về an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm không thuộc diện phải cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm của 03 ngành chưa có sự thống nhất (đối với 02 ngành (Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công thương) thì có các văn bản hướng dẫn quản lý bằng hình thức ký bản cam kết bảo đảm an toàn thực phẩm, riêng ngành Y tế không thực hiện hình thức ký bản cam kết bảo đảm an toàn thực phẩm;

Chưa thống nhất trong công tác quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm đối với loại hình kinh doanh dịch vụ ăn uống (cụ thể là loại hình nhà hàng trong khách sạn, bếp ăn tập thể không có đăng ký ngành nghề kinh doanh thực phẩm); chưa thống nhất trong công tác quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm đối với loại hình chợ...

Bên cạnh đó, một số khái niệm còn thiếu như sản xuất, kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ, thực phẩm đã qua chế biến bao gói sẵn; chưa thống nhất giữa các luật như khái niệm "sản xuất thực phẩm" và "kinh doanh thực phẩm" chưa thống nhất giữa Luật Doanh nghiệp năm 2020 và Luật an toàn thực phẩm;

Khái niệm "cấm sử dụng", "danh mục được phép sử dụng", "chưa được phép sử dụng", "chưa được phép lưu hành tại Việt Nam"... chưa được thống nhất và giải thích rõ ràng trong các tiêu chuẩn và quy chuẩn để thống nhất trong quá trình triển khai thực hiện Luật an toàn thực phẩm.

Ngoài ra, Luật an toàn thực phẩm hiện hành còn một số quy định còn chưa đồng bộ, khó triển khai như tại điểm a, khoản 1 Điều 36 Luật an toàn thực phẩm, quy định hồ sơ, trình tự, thủ tục cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm trong đó quy định hồ sơ cấp có "Giấy xác nhận đã được tập huấn kiến thức về an toàn thực phẩm của chủ cơ sở và của người trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm theo quy định của Bộ trưởng Bộ quản lý ngành", khoản 1 Điều 10 Nghị định số 17/2020/NĐ-CP ngày 5/2/2020 sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định liên quan đến điều kiện đầu tư kinh doanh thuộc lĩnh vực quản lý nhà nước của Bộ Công Thương quy định "Người trực tiếp sản xuất phải được tập huấn kiến thức an toàn thực phẩm và được chủ cơ sở xác nhận".

Tuy nhiên, các văn bản hướng dẫn Luật an toàn thực phẩm chưa quy định rõ thẩm quyền, trách nhiệm thuộc cơ quan nào thực hiện tập huấn kiến thức an toàn thực phẩm. Việc giao cho các doanh nghiệp, cá nhân tự tổ chức tập huấn không đảm bảo tính khách quan và tính hiệu quả trong thi hành pháp luật.

Điều 37 Luật An toàn thực phẩm năm 2010 quy định giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm có hiệu lực trong thời gian 03 năm; trước 06 tháng tính đến ngày giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm hết hạn, tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh thực phẩm phải nộp hồ sơ xin cấp lại...;

Như vậy, thời gian làm hồ sơ để cấp lại giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm trước ngày hết hạn là quá dài, gây khó khăn cho các tổ chức, cá nhân kinh doanh thực phẩm.

Bộ Y tế cho biết, để thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước về hoàn thiện thể chế lĩnh vực quản lý an toàn thực phẩm, trước yêu cầu mới của thực tiễn, hội nhập quốc tế, khắc phục những tồn tại, bất cập đặt ra trong quá trình thi hành Luật an toàn thực phẩm, cần thiết phải xây dựng Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật an toàn thực phẩm trên cơ sở phát huy ưu điểm và khắc phục các hạn chế của Luật này.