Kết quả điều tra xác định: Từ năm 2017 đến năm 2022, với mục đích che giấu doanh thu, lợi nhuận thực tế, giảm số thuế TNDN phải nộp, Nguyễn Đăng Thuyết và Nguyễn Nhật Linh (vợ Thuyết) đã chỉ đạo nhân viên dưới quyền lập, sử dụng 02 hệ thống sổ kế toán để hạch toán trái quy định của pháp luật, gồm: Hệ thống sổ kế toán nội bộ và Hệ thống sổ kế toán dùng để kê khai thuế quyết toán thuế hàng năm với nhà nước; khai man số liệu kế toán; để ngoài sổ kế toán nhiều khoản doanh thu, chi phí, lợi nhuận; chỉ đạo nhân viên mua hóa đơn đầu vào để nâng khống giá trị hàng hóa mua vào, làm giảm số thuế TNDN phải nộp, gây thiệt hại cho Nhà nước trên 400 tỷ đồng. 

Ngày 15/5/2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”; “In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước” xảy ra tại Công ty TNHH Thành An Hà Nội và một số công ty, đơn vị có liên quan; khởi tố bị can và áp dụng Biện pháp ngăn chặn đối với 08 đối tượng, gồm: 

Khởi tố bị can đối với Nguyễn Đăng Thuyết, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Thành An Hà Nội về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” quy định tại Điều 221 Bộ luật Hình sự; 

Khởi tố bị can, ra Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét đối với Nguyễn Nhật Linh (vợ Thuyết); Đỗ Thị Hoa, nguyên Kế toán trưởng Công ty TNHH Thành An Hà Nội; Nguyễn Quý Khái, Giám đốc Công ty TNHH Thiết bị Y tế Danh; Bùi Thị Mai Hương, Kế toán trưởng Công ty TNHH Thiết bị Y tế Danh về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” quy định tại Điều 221 Bộ luật Hình sự.

Khởi tố bị can, ra Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét đối với Phạm Thị Quỳnh Như, Giám đốc Công ty Cổ phần vật tư hóa chất và thiết bị Thành Phát; Nguyễn Thị Kim Dung, Giám đốc Công ty TNHH vật tư thiết bị Y tế An Bình Minh và Phạm Thị Thu Hà, Chủ hộ kinh doanh Cửa hàng Tuấn Phong về tội “In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước”, quy định tại Điều 203 Bộ luật Hình sự.

Ngày 16/5/2023, sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn; Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các Quyết định và Lệnh tố tụng đối với 08 bị can theo đúng quy định pháp luật. 

Hiện nay, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tập trung điều tra làm rõ tính chất, vai trò, hành vi phạm tội của các bị can và đối tượng có liên quan để mở rộng điều tra, làm rõ bản chất vụ án, thu hồi triệt để tài sản cho Nhà nước.