Trên cơ sở gợi ý của Ban Chỉ đạo Trung ương, TP HCM đã nghiên cứu đề xuất sắp xếp các cơ quan theo hướng "Trung ương có bộ nào, thành phố có cơ quan cấp sở tương ứng". Trên cơ sở rà soát hệ thống cơ sở đảng cùng các cơ quan trực thuộc chính quyền TP HCM, Ban Thường vụ Thành ủy TP HCM đã đưa ra định hướng sắp xếp bộ máy bước đầu.

Cụ thể, đối với khối Đảng, TP HCM đề xuất sáp nhập Ban Tuyên giáo và Ban Dân vận Thành ủy.

Nghiên cứu kết thúc hoạt động 11 đảng đoàn, 3 Ban Cán sự Đảng và Đảng ủy Khối Dân - Chính - Đảng.

Thành lập mới 2 đảng bộ trực thuộc Thành ủy gồm Đảng bộ cơ quan Đảng, đoàn thể Tư pháp thành phố và cơ quan Đảng bộ Khối Chính quyền. 

Chuyển các tổ chức Đảng trong cơ quan, đơn vị của Đảng, Văn phòng Đoàn Đại biểu Quốc hội và HĐND TP HCM, MTTQ Việt Nam TP HCM, các tổ chức chính trị - xã hội, Viện Kiểm sát Nhân dân, Tòa án Nhân dân, các tổ chức đảng trong hội quần chúng về Cơ quan Đảng, đoàn thể Tư pháp TP HCM.

Chuyển các tổ chức đảng trong cơ quan chuyên môn, đơn vị sự nghiệp thuộc UBND TP HCM và 24 đảng bộ cấp trên cơ sở về trực thuộc Đảng bộ Khối Chính quyền TP HCM. 

Đảng bộ Quân sự, Đảng bộ Công an, Đảng bộ Bộ đội biên phòng TP HCM sẽ giữ nguyên như hiện nay.

Các đảng bộ chuyển về Đảng bộ Khối Chính quyền thành phố là đảng bộ cấp trên cơ sở ở các tổng công ty Nhà nước, Đảng bộ Lực lượng Thanh niên xung phong, Đảng bộ Liên hiệp các hợp tác xã thương mại, Đảng bộ Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp, Đảng bộ Cục Hải quan, Đảng bộ Viễn thông, Đảng bộ Bưu điện, Đảng bộ Đại học Quốc gia, Đảng bộ Khối đại học - cao đẳng, Đảng bộ khối các cơ quan Trung ương tại TP HCM, Đảng bộ các doanh nghiệp thành phố, Đảng bộ Khối cơ sở Bộ Y tế, Đảng bộ Khối cơ sở Bộ Tài nguyên và Môi trường, Đảng bộ Khối cơ sở Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Đảng bộ Sở Y tế, Đảng bộ Sở Giáo dục và Đào tạo, Đảng bộ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, Đảng bộ Sở Giao thông Vận tải.

Nghiên cứu chuyển giao một số tổ chức cơ sở Đảng của loại hình doanh nghiệp sự nghiệp ở các quận ủy, huyện ủy, Thành ủy Thủ Đức.

Sau khi sắp xếp theo định hướng trên, TP HCM sẽ còn 27 đảng bộ trực thuộc, giảm 24 đảng bộ so với hiện tại.

Đối với Khối chính quyền, TP HCM nghiên cứu sáp nhập Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư, chuyển Ban Đổi mới quản lý doanh nghiệp thành đơn vị trực thuộc.

Nghiên cứu sáp nhập Sở Xây dựng, Sở Giao thông vận tải, Sở Quy hoạch - Kiến trúc, chuyển Văn phòng Thường trực Ban An toàn giao thông thành đơn vị trực thuộc.

Nghiên cứu sáp nhập Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để thực hiện quản lý Nhà nước về nông nghiệp, tài nguyên và môi trường. Một số nhiệm vụ của 2 sở này sẽ chuyển về các sở khác liên quan. TP HCM chuyển Ban Quản lý Khu Nông nghiệp công nghệ cao thành đơn vị trực thuộc.

Nghiên cứu sáp nhập Sở Du lịch và Sở Văn hóa - Thể thao.

Nghiên cứu sáp nhập Sở Thông tin và Truyền thông với Sở Khoa học và Công nghệ để thực hiện nhiệm vụ quản lý Nhà nước về khoa học công nghệ, chuyển đổi số.

Nghiên cứu kết thúc hoạt động Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, chuyển các chức năng qua Sở Giáo dục và Đào tạo, Sở Y tế, Sở Nội vụ, Sở Văn hóa và Thể thao.

Nghiên cứu kết thúc nhiệm vụ Sở An toàn thực phẩm, chuyển nhiệm vụ về Sở Y tế, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công Thương.

Nghiên cứu sáp nhập Ban Tôn giáo (Sở Nội vụ) và Ban Dân tộc.

Nghiên cứu sáp nhập Ban Quản lý Khu Công nghệ cao và Ban Quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất TP HCM.

Nếu thực hiện theo phương án này, TP HCM sẽ giảm 8 sở và 5 cơ quan hành chính khác thuộc khối chính quyền.