Luật Tổ chức Chính phủ (sửa đổi) gồm 5 chương, 32 điều. Lần đầu tiên tại Luật Tổ chức Chính phủ đã thiết kế các điều về phân định thẩm quyền, phân cấp, phân quyền, ủy quyền. Đây là căn cứ pháp lý quan trọng mang tính nguyên tắc để phân định rõ nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ và mối quan hệ giữa Chính phủ với các cơ quan thực hiện quyền lập pháp, cơ quan thực hiện quyền tư pháp; mối quan hệ giữa Chính phủ với chính quyền địa phương.

Các quy định mang tính nguyên tắc tại Luật này là căn cứ pháp lý quan trọng để xây dựng, hoàn thiện hệ thống pháp luật chuyên ngành được đồng bộ, thống nhất.

Về một số điểm mới, Luật đã giải quyết được mối quan hệ giữa Chính phủ với các cơ quan trong hệ thống bộ máy Nhà nước, giữa cơ quan thực hiện quyền hành pháp với cơ quan thực hiện quyền lập pháp, cơ quan thực hiện quyền tư pháp.

Thông qua việc xác định rõ mối quan hệ này, Luật xác định rõ vai trò của Chính phủ là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất, cơ quan thực hiện quyền hành pháp, bảo đảm cho Chính phủ chủ động, linh hoạt trong lãnh đạo, điều hành và thống nhất quản lý nền hành chính nhà nước từ Trung ương đến địa phương.

Luật đã làm rõ nhiệm vụ, quyền hạn, thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ với tư cách là người đứng đầu Chính phủ, lãnh đạo và chịu trách nhiệm về hoạt động của hệ thống hành chính nhà nước từ Trung ương đến địa phương; làm nổi bật nhiệm vụ của Thủ tướng Chính phủ trong lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành hoạt động của hệ thống hành chính nhà nước từ Trung ương đến địa phương.

Các quy định tại Luật cũng làm rõ thẩm quyền của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ với tư cách là người đứng đầu bộ và với tư cách là thành viên Chính phủ. Trong đó, đề cao trách nhiệm của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ với tư cách là thành viên Chính phủ, chịu trách nhiệm trước Chính phủ về quản lý Nhà nước đối với ngành, lĩnh vực theo phân công của Chính phủ.

Với tư cách này, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ chịu trách nhiệm cá nhân trước Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ và Quốc hội về ngành, lĩnh vực được phân công quản lý; giải trình, trả lời chất vấn của đại biểu Quốc hội.

Việc phân định rõ trách nhiệm của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ sẽ tạo điều kiện để tăng cường trách nhiệm của Bộ trưởng trong Quy chế làm việc của Chính phủ, không đẩy trách nhiệm quyết định các vấn đề cụ thể thuộc ngành, lĩnh vực lên Thủ tướng Chính phủ quyết định như hiện nay.

Ngoài ra, Luật đã làm rõ mối quan hệ giữa Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ với chính quyền địa phương thông qua các nguyên tắc phân định thẩm quyền, phân quyền, phân cấp, ủy quyền, bảo đảm bám sát phương châm: "địa phương quyết, địa phương làm, địa phương chịu trách nhiệm”, tạo cơ chế giải quyết kịp thời những khó khăn, vướng mắc về thể chế, khơi thông nguồn lực, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý Nhà nước từ Trung ương đến địa phương.