Theo nguồn tin riêng của Báo Nhà báo & Công luận: Năm 2017, HĐND tỉnh Thanh Hóa phê duyệt dự toán kinh phí hỗ trợ đào tạo phát triển bóng đá lên tới 41 tỷ đồng. Toàn bộ kinh phí ngân sách nhà nước cấp qua Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch để ký hợp đồng thuê đào tạo và phát triển bóng đá với Công ty cổ phần bóng đá Thanh Hóa. Việc làm này đã bị Kiểm toán nhà nước “tuýt còi”, kiến nghị UBND tỉnh chấm dứt chi hỗ trợ bóng đá chuyên nghiệp.

Mặc dù vậy, ngày 8/3/2019, UBND tỉnh Thanh Hóa đã có Công văn giao Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch chủ trì, phối hợp với Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư và các đơn vị liên quan, căn cứ quy định hiện hành của pháp luật, nghiên cứu đề nghị của Công ty TNHH Một thành viên - Câu lạc bộ Bóng đá Thanh Hóa tại Công văn số 59/CV-CLBBĐ ngày 25/02/2019 (về việc xin bổ sung ngân sách để trả nợ) và Công văn số số 65/CV-CLBBĐ ngày 04/3/2019 (về tình hình ngân sách của đội bóng đá Thanh Hóa), khẩn trương tham mưu, đề xuất ý kiến báo cáo Chủ tịch UBND tỉnh trước ngày 20 tháng 3 năm 2019.

Được biết, hiện tại, đội bóng đá chuyên nghiệp Thanh Hóa đang gặp rất nhiều khó khăn cả về tài chính, chuyên môn lẫn cơ chế, mô hình hoạt động. Sau khi Tập đoàn FLC rút lui, chưa có doanh nghiệp nào tiếp nhận, tài trợ cho đội bóng. Đầu mùa giải 2019, UBND tỉnh đang tạm thời giao đội bóng xứ Thanh cho Liên đoàn bóng đá Thanh Hóa quản lý. Đích thân Chủ tịch UBND tỉnh Nguyễn Đình Xứng cũng đã phải phát công văn kêu gọi các Sở, Ban, Ngành, các địa phương, cộng đồng doanh nghiệp, doanh nhân, các tầng lớp nhân dân tham gia hỗ trợ, tài trợ, quảng cáo đối với CLB bóng đá Thanh Hóa.

Trước khi mùa bóng mới bắt đầu, hàng loạt cầu thủ tên tuổi đã rời khỏi đội bóng như: Thủ môn Bùi Tiến Dũng, hậu vệ Trần Đình Đồng, Tiền vệ Ngô Hoàng Thịnh, Tiền vệ Vũ Minh Tuấn, Tiền vệ Hoàng Văn Bình, Tiền đạo Omar... Sau 3 trận mở màn V-league 2019, đội bóng đá Thanh Hóa do HLV Nguyễn Đức Thắng dẫn dắt mới chỉ giành được 1 trận hòa, để thua 2 trận, xếp ở vị trí áp chót trên bảng xếp hạng.

Quang Duy