Thông tư 33 có quy định mới về áp dụng bảo lãnh thuế đối với các trường hợp chậm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ (CTCNXX) và xác minh xuất xứ hàng hóa. 

Theo Tổng cục Hải quan, thực tế hiện nay, đối với các trường hợp chưa có CTCNXX tại thời điểm làm thủ tục hải quan, doanh nghiệp phải tính thuế theo mức thuế suất MFN hoặc mức thuế suất phòng vệ thương mại cao nhất để được thông quan hàng hoá và phải khai sửa đổi, bổ sung sau khi có CTCNXX và thực hiện các thủ tục hoàn thuế. 

Điều này cũng làm chậm quay vòng vốn của doanh nghiệp, lãng phí nguồn nhân lực của cả cơ quan quản lý (hải quan, thuế) và doanh nghiệp trong việc thực hiện các thủ tục khai bổ sung, hoàn thuế.

Do vậy, để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp và giảm thiểu thủ tục hành chính liên quan đến hồ sơ hoàn thuế, tại Điều 12 Thông tư đã bổ sung hướng dẫn về việc cho phép áp dụng bảo lãnh thuế trong các trường hợp.

Thứ nhất, trường hợp chưa có CTCNXX tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt:

“Hàng hóa nhập khẩu phải áp dụng thuế suất nhập khẩu ưu đãi (sau đây gọi tắt là thuế suất MFN) hoặc thuế suất thông thường và được thông quan theo quy định. Trường hợp được tổ chức tín dụng bảo lãnh số tiền thuế chênh lệch thì được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt và thông quan theo quy định”.

Thứ hai, trường hợp chưa có CTCNXX tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng các biện pháp phòng vệ thương mại:

“Hàng hóa nhập khẩu phải áp dụng mức thuế theo các biện pháp phòng vệ thương mại do Bộ Công Thương quy định. Trường hợp được tổ chức tín dụng bảo lãnh số tiền thuế phải nộp thì được áp dụng mức thuế suất theo khai báo của người khai hải quan và hàng hoá được thông quan theo quy định”.

“Người khai hải quan nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan để áp dụng biện pháp phòng vệ thương mại ….”

Thứ ba, trường hợp phải tiến hành xác minh tính hợp lệ của CTCNXX để được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt hoặc biện pháp phòng vệ thương mại: 

“Trong thời gian chờ kết quả xác minh, người khai hải quan xử lý, tính thuế theo quy định tại điểm b.1 khoản 1 và điểm b.1 khoản 3 Điều 12 Thông tư này.”

Tổng cục Hải quan cũng cho biết, một trong những điểm mới khác là bỏ điều kiện chứng từ chứng nhận xuất xứ phải còn hiệu lực tại thời điểm nộp bổ sung và hàng hoá phải được xác định chưa tham gia vào quá trình sản xuất, chế biến trong một số trường hợp đặc biệt

Do thời gian quy định việc kiểm tra sau thông quan là 05 năm nên đa số các trường hợp phát sinh thay đổi về thuế nhập khẩu được phát hiện trong khâu sau thông quan thì CTCNXX đều đã hết hiệu lực (12 tháng kể từ ngày cấp). Theo đó, việc ràng buộc điều kiện CTCNXX phải còn hiệu lực tại thời điểm nộp bổ sung dẫn đến các doanh nghiệp không thể đáp ứng quy định mặc dù hàng hóa nhập khẩu đều thỏa mãn quy định về xuất xứ tại thời điểm nhập khẩu, đủ điều kiện được áp dụng thuế ưu đãi đặc biệt.

Ngoài ra, qua theo dõi thời gian qua, nhiều doanh nghiệp phản ánh vướng mắc trong quá trình thực hiện, nhiều trường hợp nguyên liệu sau khi sản xuất, cấu thành lên sản phẩm nhưng do không tìm được thị trường xuất khẩu, các doanh nghiệp phải chuyển tiêu thụ trong nước nếu căn cứ theo quy định nêu trên thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi do nguyên liệu đã đưa vào sản xuất và không còn nguyên trạng so với ban đầu.

Do vậy, để tạo thuận lợi thương mại và tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho doanh nghiệp, tại Điều 13 Thông tư không quy định điều kiện CTCNXX phải còn hiệu lực tại thời điểm nộp bổ sung và điều kiện hàng hoá phải được xác định chưa tham gia vào quá trình sản xuất, chế biến (đảm bảo tính nguyên trạng về xuất xứ) trong một số trường hợp đặc biệt.