Theo kết luận thanh tra dự án hầm chui Nguyễn Văn Linh - Nguyễn Hữu Thọ có tổng tiến độ thi công là 15 tháng, được khởi công từ năm 2020. Đến thời điểm ra kết luận thanh tra, Gói thầu xây lắp số 1: "Xây dựng hầm chui HC1 và đường giao thông" mới thực hiện được khoảng 10% khối lượng; Gói thầu xây lắp số 2: "Xây dựng hầm chui HC2 và trạm bơm"  thực hiện được 75%, dự kiến thông xe nhánh hầm HC2 trước ngày 31/7/2024. 

Kết luận thanh tra nhận định, công trình thực hiện bị chậm tiến độ ban đầu, được tiếp tục điều chỉnh tiến độ và vẫn đang tiếp tục thi công chưa hoàn thành. Nguyên nhân chậm tiến độ được chỉ ra là do chủ đầu tư chưa chủ động, tích cực trong phối hợp với các ban, ngành có liên quan. Bên cạnh đó, công tác phối hợp, thẩm định, phê duyệt các thiết kế, dự toán liên quan đến công tác di dời hệ thống hạ tầng kỹ thuật giữa các sở ngành cũng có nhiều chậm trễ, làm ảnh hưởng đến tổng tiến độ thi công.

Công tác tổ chức thực hiện và phê duyệt khảo sát, thiết kế di dời các công trình hạ tầng kỹ thuật ngầm hầm chui Nguyễn Văn Linh có liên quan đến các sở ngành chưa được thực hiện đồng bộ, chính xác, phù hợp với các quy định hiện hành. Từ đó, dẫn đến việc di dời gặp nhiều vướng mắc, kéo dài thời gian di dời, thời gian thực hiện dự án, làm dự án phải điều chỉnh kéo dài tiến độ thi công.

Ngoài ra, công trình triển khai thi công trên đường bộ đang khai thác, việc kéo dài tiến độ thi công, thời gian hoàn thành công trình đã ảnh hưởng lớn đến mục tiêu công trình, làm giảm năng lực thông hành nút giao thi công, giảm hiệu quả chống ùn tắc giao thông

Đặc biệt qua quá trình kiểm tra, Đoàn Thanh tra phát hiện tại Gói thầu xây lắp 1 đã thực hiện biện pháp đảm bảo an toàn giao thông trong quá trình thi công chưa đầy đủ. Cụ thể, rào chắn ở hai đầu đoạn thi công nhưng không đầy đủ theo quy định; biển báo sử dụng đèn led dạng mũi tên chỉ hướng không đầy đủ theo quy định tại hai đầu rào chắn và dọc theo rào chắn với khoảng cách 30m/1 biển vào ban đêm.

Công tác quản lý chất lượng thi công xây dựng công trình tại gói thầu này còn thiếu nhật ký thi công do thành viên liên danh thi công, gồm: diễn biến điều kiện thi công (nhiệt độ, thời tiết và các thông tin liên quan); số lượng nhân công, thiết bị do nhà thầu thi công xây dựng huy động để thực hiện thi công tại hiện trường; các công việc xây dựng được nghiệm thu hàng ngày trên công trường,...

Tương tự tại Gói thầu xây lắp 2, đoàn kiểm tra phát hiện một số rào chắn thi công bị cong vênh, móp méo, tróc sơn và rỉ sét (hướng lưu thông từ đường Nguyễn Phan Chánh đi quốc lộ 1). Bên cạnh đó, rào chắn ở hai đầu đoạn thi công chưa đầy đủ theo quy định; bố trí biển báo sử dụng đèn led dạng mũi tên chỉ hướng không đầy đủ theo quy định. Nhật ký thi công cũng không thể hiện đầy đủ các nội dung thi công trạm bơm và hệ thống thoát nước trên công trường.

Ngoài ra Kết luận thanh tra cũng chỉ ra những tồn tại như chủ đầu tư thiếu kiểm tra, hướng dẫn nhà thầu tư vấn giám sát và nhà thầu thi công dẫn đến còn có các tồn tại trong công tác ghi nhật ký thi công và đảm bảo an toàn giao thông trong quá trình thi công công trình.

Đoàn Thanh tra kiến nghị chủ đầu tư kiểm điểm với các bộ phận, cá nhân liên quan và khẩn trương khắc phục các tồn tại nêu trong Kết luận thanh tra. Chủ đầu tư cần nghiêm túc thực hiện theo tiến độ kế hoạch đã đề ra, thường xuyên kiểm tra theo dõi, dự báo đối với các sự cố phát sinh để kịp thời có báo cáo, đề xuất xử lý và phối hợp xử lý với các cơ quan ban ngành,...

Tại Kết luận này, Thanh tra Sở GTVT cũng lập hồ sơ xử phạt vi phạm hành chính đối với 6 đơn vị thi công thuộc Liên danh thi công Gói thầu xây lắp 1, 2 và chuyển cơ quan có thẩm quyền ra Quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với 2 đơn vị.