Cụ thể, việc sát nhập nhằm mục đích chuyên môn hoá, tách bạch vận tải hàng hoá và vận tải hành khách.

Cùng với đó thu hút các thành phần kinh tế khác tham gia, đầu tư vào vận tải hàng hóa, hành khách để khai thác nguồn lực xã hội về tài chính, công nghệ, thị trường và đặc biệt là quản trị.

Phương án này cũng hạn chế tối đa cạnh tranh nội bộ, tập hợp nguồn lực để nâng cao năng lực cạnh tranh với các phương thức vận tải khác, hạ giá thành vận tải,...

Trên cơ sở đó, doanh nghiệp tận dụng lợi thế vận tải, nghiên cứu cung cấp dịch vụ trọn gói, tạo thuận lợi cho khách hàng để tăng thị phần, tạo thêm việc làm, tăng năng suất lao động, nâng cao đời sống thu nhập cho người lao động.

Hiện công ty cổ phần Vận tải đường sắt Hà Nội và công ty cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn là doanh nghiệp thành viên, có vốn góp của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam.

Công ty cổ phần Vận tải đường sắt Hà Nội gồm 15 chi nhánh trực thuộc với 11 chi nhánh vận tải đường sắt và 4 chi nhánh toa xe.

Đơn vị quản lý các tuyến đường sắt Thống nhất Hà Nội - TP Hồ Chí Minh, tuyến phía Tây Hà Nội - Lào Cai, tuyến phía Bắc Hà Nội - Đồng Đăng, tuyến phía Đông Hà Nội - Hải Phòng, tuyến Yên Viên - Quán Triều, Kép - Cái Lân.

Tổ chức đường sắt vận chuyển hàng hoá, hành khách Liên vận quốc tế qua hai cửa khẩu Hà Khẩu và Hữu Nghị Quan với đường sắt Trung Quốc.

Về phía công ty cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn đang tổ chức vận chuyển hàng hóa bằng các đoàn tàu chuyên tuyến như H3/4 Sóng Thần - Giáp Bát, SBN 1/2 Sóng Thần - Yên viên (Hà Nội).

Tàu H1/2 vận chuyển hàng đông lạnh Sóng Thần - Đồng Đăng (Lạng Sơn), tàu HSK1/2 Sóng Thần - Kim Liên, tàu HDS1/2 Sóng Thần - Diêu Trì,...

Doanh nghiệp này còn có các đôi tàu khu đoạn vận chuyển hàng hóa tới tất cả các ga trên mạng lưới đường sắt Quốc gia; cung cấp các dịch vụ vận chuyển từ nhà đến nhà, từ kho đến kho.

Dự kiến sau khi hợp nhất, việc vận tải hành khách, tách vận tải hàng hoá ra khỏi doanh nghiệp trên.

Thị trường vận tải hàng hóa do công ty con đảm nhận và thị trường vận tải hành khách do doanh nghiệp hình thành sau hợp nhập là công ty CP Vận tải đường sắt đảm nhận.