Cụ thể, Bộ VHTT&DL có 13 dự án viện trợ đã kết thúc chưa quyết toán theo quy định do đến năm 2020 Bộ VHTTDL mới được giao dự toán số kinh phí viện trợ 178,86 tỷ đồng để thực hiện quyết toán ngân sách năm 2019; các dự án đã kết thúc không nộp báo cáo cho Bộ VHTTDL theo quy định.

Bộ GD&ĐT có nhiều  dự án tại các đơn vị trực thuộc tiếp nhận viện trợ từ năm 2014 trở về trước chưa được hoàn tạm ứng theo quy định số tiền 146,978 tỷ đồng, do một số dự án không có lệnh ghi thu - ghi chi NSNN và chưa thực hiện quyết toán với nhà tài trợ.

Tại Trung ương Đoàn thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh: Hội Đồng đội Trung ương chưa được phê duyệt thực hiện đề án viện trợ và ghi thu tiền viện trợ năm 2019.

Tương tự ở Bộ Y tế: Việc quản lý, theo dõi viện trợ của Bộ Y tế đối với một số đơn vị còn chưa sát sao, chặt chẽ và kịp thời; công tác kiểm tra phê duyệt quyết toán chưa đầy đủ chỉ tập trung vào nội dung chi; công tác ghi thu - ghi chi tại nhiều đơn vị còn rất chậm (có dự án đến 10 năm), từ nhiều năm luôn xảy ra tình trạng chênh lệch giữa số liệu báo cáo quyết toán của đơn vị với số liệu quyết toán (số ghi thu ghi chi đã được Bộ Tài chính thông báo); kinh phí dư, lãi tiền gửi, chênh lệch tỷ giá của các dự án đã kết thúc từ lâu chưa được xử lý dứt điểm 30,720 tỷ đồng (Bộ Y tế có Công văn số 5787/BYT-KHTC ngày 01/10/2019 xin sử dụng số kết dư trên để xây dựng Dự án Nhà làm việc tổng hợp nhưng đến thời điểm kiểm toán Bộ Tài chính chưa có ý kiến trả lời)…;

Cũng theo KTNN, hầu hết các đơn vị được kiểm toán của Bộ Y tế có tình trạng lập báo cáo số liệu chưa đúng so với quy định; thực hiện xác nhận viện trợ, thanh quyết toán và ghi thu, ghi chi chậm; có lập báo cáo tài chính riêng gửi nhà tài trợ và Vụ KHTC mà chưa hợp nhất vào báo cáo tài chính của đơn vị; chưa báo cáo kịp thời và xin ý kiến Bộ Y tế xử lý dứt điểm đối với tiền lãi, chênh lệch tỷ giá và kinh phí còn tồn từ lâu (từ 5 năm đến 10 năm) của các dự án đã đóng mà không phải hoàn trả nhà tài trợ số tiền 23,465 tỷ đồng (Viện Chiến lược và Chính sách y tế 7,786 tỷ đồng; Bệnh viện Mắt Trung ương 6,288 tỷ đồng; Cục Quản lý Môi trường Y tế 2,855 tỷ đồng; Cục Phòng, chống HIV/AIDS 5,720 tỷ đồng; Văn phòng Bộ Y tế 0,816 tỷ đồng).

Trong đó, tại Viện Chiến lược và Chính sách y tế có Dự án cung cấp các bằng chứng khoa học về bệnh tật và tử vong cho quá trình hoạch định chính sách y tế ở Việt Nam kết thúc từ năm 2011 nhưng đến nay chưa làm thủ tục xác nhận viện trợ đối với số kinh phí còn dư 5,28 tỷ đồng (dư TK 3372); Cục phòng, chống HIV/AIDS và các dự án viện trợ chưa quyết liệt đôn đốc đơn vị ủy thác bàn giao biên bản giao nhận thuốc cho các cơ sở điều trị HIV/AIDS làm căn cứ quyết toán nguồn viện trợ; giá trị thuốc kháng HIV, thuốc điều trị nghiện, vật tư, sinh phẩm còn tồn kho lớn nhưng chưa kiểm tra, báo cáo chi tiết về số lượng tiếp nhận, sử dụng, tồn kho từ nguồn bảo hiểm y tế, nguồn viện trợ, nguồn NSNN tại các cơ sở điều trị; chưa tổng hợp số liệu chương trình Pepfar vào báo cáo quyết toán dẫn đến báo cáo chưa đảm bảo tính đầy đủ, chính xác.