Trước khi tái lập tỉnh (thời điểm trước năm 1991), ngành giáo dục tỉnh Yên Bái rơi vào tình trạng khủng hoảng; quy mô giáo dục sa sút; nhà trẻ tan rã từng mảng; học sinh THCS nhất là học sinh ở vùng cao, vùng dân tộc thiểu số bỏ học trên 22%; đời sống giáo viên gặp nhiều khó khăn, số giáo viên bỏ việc, nghỉ tự túc nhiều.

Năm 1991, tỉnh Yên Bái được tái lập, cũng là thời điểm Đảng và Nhà nước có nhiều văn bản chỉ đạo về phát triển giáo dục. Tỉnh ủy, Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân tỉnh Yên Bái, với sự tham mưu tích cực của Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Yên Bái, đã ban hành nhiều chính sách về phát triển giáo dục, đưa cục diện giáo dục tỉnh Yên Bái ngày càng phát triển và đạt được những thành tựu đáng ghi nhận trên các phương diện từ cơ sở vật chất đến chất lượng trên mọi cấp học.

Giai đoạn những năm 1991 – 2000, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã có văn bản chỉ đạo các địa phương duy trì phát triển quy mô giáo dục mầm non theo Nghị quyết số 02-NQ/HTTW ngày 24/12/1996 của BCH Trung ương Đảng khóa VIII chỉ đạo “Xây dựng hoàn chỉnh và phát triển bậc học Mầm non cho hầu hết trẻ em trong độ tuổi. Phổ biến kiến thức nuôi, dạy trẻ cho các gia đình”.

Trên cơ sở quy mô trường lớp, học sinh hiện có, tỉnh Yên Bái đã tập trung chỉ đạo phát triển đa dạng loại hình trường, lớp mầm non để huy động tối đa trẻ trong độ tuổi ra lớp. Phát triển các loại hình trường (bán công, dân lập; nhóm trẻ gia đình, nhóm trẻ thời vụ, lớp mẫu giáo 36 buổi, 26 tuần; tuyên truyền, chăm sóc giáo dục trẻ tại gia đình, từ đó số trẻ mầm non ra lớp, được chăm sóc giáo dục tăng lên, thu hút trẻ mầm non được chăm sóc, giáo dục, thực hiện công bằng trong giáo dục. Kết quả đến năm học 1999-2000 toàn tỉnh đã có 56 trường Mầm non, 1.143 nhóm lớp và 22.498 trẻ ra lớp.

Năm 1991, tỉnh Yên Bái được tái lập, cũng là năm đầu tiên ngành giáo dục và đào tạo Yên Bái bước vào thực hiện kế hoạch phát triển 5 năm (1991-1995) với mục tiêu “Tiếp tục đổi mới, ổn định phát triển và nâng cao chất lượng giáo dục và đào tạo…”.

Ngành giáo dục phổ thông đã từng bước thực hiện nhiệm vụ “Tập trung thực hiện chương trình phổ cập giáo dục cấp I và chống mù chữ; phát triển cấp II, cấp III phù hợp với yêu cầu và điều kiện nền kinh tế”.

Mặc dù còn nhiều khó khăn nhưng giai đoạn này giáo dục phổ thông Yên bái đã có những chuyển biến tích cực: Quy mô trường lớp được củng cố và ngày càng ổn định, phát triển về số lượng. Giai đoạn 1991- 2005 hệ thống giáo dục đào tạo, mạng lưới trường lớp được củng cố. Các trường PTCS dần tách ra thành trường Tiểu học và trường THCS, trường THPT phát triển mạnh theo hướng đa dạng hóa loại hình trường lớp. Năm học 2004-2005, toàn tỉnh có 379 trường phổ thông, so với năm học 1990-1991, tăng 99 trường, 2.315 lớp, 64.718 học sinh (gấp 1,62 lần).

Hệ thống trường lớp cũng được phủ kín đến các thôn bản, đặc biệt là đối với cấp tiểu học, nhằm huy động tối đa học sinh đi học. Tháng 12/1997, tỉnh Yên Bái được công nhận đạt chuẩn quốc gia về phổ cập giáo dục tiểu học – xóa mù chữ, vượt kế hoạch 3 năm theo chương trình quốc gia. Đến năm 2007, tỉnh hoàn thành phổ cập THCS.

Trường THPT Chuyên Nguyễn Tất Thành - là một trong những trường đạt chuẩn quốc gia và dẫn đầu về chất lượng giáo dục trung học tại tỉnh Yên Bái. Chất lượng giáo dục đại trà và giáo dục mũi nhọn được nâng lên rõ rệt đạt mức khá so với các tỉnh trong khu vực. Đặc biệt năm 2019, học sinh Nguyễn Đình Hoàng, Trường Trung học phổ thông chuyên Nguyễn Tất Thành đã đạt Huy chương Bạc tại  kỳ thi Olympic Hóa học quốc tế. 

Sau năm 1991, các trường Bồi dưỡng giáo dục huyện, thị xã, thành phố vẫn được duy trì hoạt động. Giai đoạn này, nhiệm vụ bổ túc văn hóa có sự chuyển biến do người học không chỉ cần xóa mù chữ, phổ cập giáo dục tiểu học, bổ túc văn hóa mà còn cần học ngoại ngữ, tin học, cập nhật kiến thức khoa học, kỹ thuật...

Nghị quyết số 20-NQ/TU ngày 18/10/2002 của Tỉnh ủy Yên Bái xác định “Phấn đấu đến năm 2005 tất cả các huyện thị xã, thành phố trong tỉnh đều có Trung tâm GDTX, Trung tâm hướng nghiệp dạy nghề; đến năm 2010, tất cả các xã, phường, thị trấn đều có trung tập học tập cộng đồng, đáp ứng nhu cầu học tập suốt đời của mọi thành viên trong cộng đồng, tạo điều kiện hình thành một xã hội học tập ở tỉnh Yên Bái”.

Nhiệm vụ xây dựng và phát triển đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên giai đoạn 1991-2005 tập trung vào công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ giáo viên phục vụ tốt nhiệm vụ trọng tâm hoàn thành xóa mù chữ - phổ cập giáo dục tiểu học; tuyển dụng, bổ sung gắn với đào tạo, bồi dưỡng để đáp ứng về số lượng, đạt chuẩn về trình độ chuyên môn cho đội ngũ giáo viên tiến tới mục tiêu phổ cập THCS.

Từ năm 2000-2005, tập trung vào thực hiện tăng quy mô trường lớp bậc THCS, THPT, đa dạng hóa loại hình trường lớp, đáp ứng nhu cầu học tập; ngành Giáo dục và Đào tạo phối hợp với các sở, ngành địa phương tích cực tham mưu với tỉnh khẩn trương tuyển dụng, bổ sung giáo viên bậc THCS, THPT, chuẩn hóa đội ngũ đáp ứng giáo dục toàn diện và đổi mới chương trình, đòi hỏi công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ giáo viên cho các ngành học cấp học phải đi trước một bước.

Công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ giáo viên giai đoạn 1991-2005 đã đạt những mục tiêu đề ra, góp phần đáng kể vào những thành tích mà ngành Giáo dục và đào tạo đã đạt được: Liên kết với các trường đại học, cao đẳng trung ương đào tạo chính quy tập trung 387 giáo viên gồm các môn: Toán, Lý, Hóa, Sinh, Sử, Địa, Ngoại ngữ, Thể dục, Kỹ thuật Công nghiệp, Nhạc, Họa. Đào tạo trên chuẩn ở các ngành học cho hơn 2500 giáo viên, đưa tỷ lệ giáo viên trên chuẩn đạt 21,2%.

Chất lượng đội ngũ cán bộ quản lý giáo dục và giáo viên từng bước được chuẩn hóa, bảo đảm hợp lý về số lượng, cơ cấu, đáp ứng yêu cầu nâng cao chất lượng dạy và học; tỉ lệ giáo viên đạt chuẩn trở lên là 98,9%.

Giáo dục vùng cao, vùng đồng bào dân tộc thiểu số tiếp tục được quan tâm đầu tư, gần 40% học sinh dân tộc thiểu số toàn tỉnh được hưởng chính sách nội trú, bán trú...

Cuối những năm 1990, thực hiện chủ trương, chính sách của Đảng, đặc biệt là Nghị quyết 02-NQ/HNTW ngày 24/12/1996 của BCH Trung ương Đảng khóa VIII về định hướng chiến lược phát triển giáo dục và đào tạo thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa và nhiệm vụ đến năm 2000, ngành Giáo dục và đào tạo chủ trương xây dựng trường đạt chuẩn quốc gia để phát triển vững chắc các bậc học nhằm chuẩn hóa các điều kiện về tổ chức, quản lý nhà trường, đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, cơ sở vật chất, huy động các nguồn lực xã hội để từng bước nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện, phù hợp với yêu cầu của đất nước trong giai đoạn mới.

Tại tỉnh Yên Bái, giai đoạn này mạng lưới trường lớp chỉ tạm đủ để đáp ứng nhu cầu học tập ở vùng thuận lợi. Tại vùng cao, vùng đồng bào dân tộc ít người, điều kiện trường lớp học còn nhiều khó khăn, việc đầu tư còn manh mún, chưa đồng bộ.

Với phương châm triển khai kịp thời, đúng trọng tập trọng điểm và nhân rộng, toàn tỉnh đã tập trung mọi nguồn lực xây dựng mô hình trường đạt chuẩn quốc gia đầu tiên tại các địa bàn thuận lợi như thị xã Yên Bái, thị xã Nghĩa Lộ, huyện Văn Yên, Trấn Yên, Văn Chấn… Sau hơn 5 năm triển khai, đến năm học 2004-2005, toàn ngành mới xây dựng được 16 trường đạt chuẩn quốc gia, đạt tỷ lệ 3,9%; trong khi tỷ lệ toàn quốc đạt 12,56%.

Tuy nhiên, một diện mạo mới đã hình thành tại những trường đạt chuẩn: cơ sở vật chát khang trang, quy mô lớp học, đội ngũ cán bộ quản lý và giáo viên hoàn chỉnh, chất lượng dạy và học được nâng cao…. Một số trường chuẩn trở thành điểm sáng được các địa phương, các trường bạn học tập. Xác định được tầm quan trọng của mô hình trường chuẩn quốc gia với nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện, Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh tiếp tục ban hành nhiều chủ trương, chính sách phát triển, nâng cao chất lượng công tác xây dựng trường chuẩn quốc gia; phấn đấu đến năm 2010 có 20% số trường phổ thông và mỗi huyện, thị xã, thành phố có 1-2 trường mầm non đạt chuẩn quốc gia. Chủ trương xây dựng trường đạt chuẩn quốc gia được các cấp ủy Đảng, chính quyền, các ban ngành đoàn thể, các tổ chức chính trị xã hội và nhân dân, phụ huynh học sinh quan tâm.

Sau 30 năm tái lập tỉnh, cơ sở vật chất giáo dục được đầu tư theo hướng chuẩn hóa đồng bộ từng bước hiện đại đáp ứng nhu cầu giảng dạy, học tập, sinh hoạt của giáo viên và học sinh; nổi bật là việc đầu tư 992 phòng học tiên tiến trong đó có 158 phòng học tương tác, gần 78% số phòng học đạt tiêu chuẩn kiên cố… đưa số trường học đạt chuẩn quốc gia lên 55,3%. Trường Trung học phổ thông chuyên Nguyễn Tất Thành và Trường phổ thông dân tộc nội trú trung học phổ thông tỉnh được xây dựng mới đưa vào sử dụng khang trang, hiện đại.

Phổ cập giáo dục là một chủ trương lớn của Đảng, Quốc hội và Nhà nước và của chính quyền địa phương. Dưới sự chỉ đạo của Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh, Ban Chỉ đạo Phổ cập giáo dục – chống mù chữ và Xây dựng xã hội học tập từ cấp tỉnh đến cấp xã được thành lập và cùng với các cấp chính quyền, các ban, ngành, đoàn thể tăng cường thực hiện các biện pháp cụ thể nhằm củng cố, duy trì và nâng cao chất lượng chống mù chữ - phổ cập giáo dục tiểu học, đồng thời triển khai thực hiện mục tiêu phổ cập giáo dục tiểu học đúng độ tuổi, phổ cập giáo dục trung học cơ sở và phổ cập giáo dục mầm non cho trẻ 5 tuổi trên phạm vi toàn tỉnh đạt được nhiều kết quả quan trọng:

Năm 1997, tỉnh Yên Bái được Bộ Giáo dục và Đào tạo công nhận đạt chuẩn quốc gia về phổ cập giáo dục tiểu học – chống mù chữ cho 7/9 đơn vị cấp huyện, 146/178 đơn vị cấp xã. Riêng Trạm Tấu được công nhận đạt chuẩn năm 2000, Mù Cang Chải được công nhận đạt chuẩn năm 2001. Như vậy đến năm 2001, Yên Bái đạt mục tiêu chống mù chữ và phổ cập giáo dục trên toàn tỉnh.

Như vậy, sau 30 năm, với sự nỗ lực phấn đấu của các cấp, các ngành trong toàn tỉnh, đặc biệt là sự cống hiến không ngừng nghỉ của các thế hệ lãnh đạo, cán bộ, giáo viên ngành giáo dục tỉnh Yên Bái đã đưa ngành giáo dục tỉnh Yên Bái phát triển cả về cơ sở vật chất và chất lượng dạy và học, sánh ngang với các tỉnh khá trong khu vực.