Các cơ quan chuyên môn sau sắp xếp của TP HCM gồm Sở Tài chính, Sở Nội vụ, Sở Xây dựng, Sở Giao thông công chánh, Sở Khoa học và Công nghệ, Sở Văn hóa và Thể thao, Sở Du lịch, Sở Dân tộc và Tôn giáo, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Y tế, Sở Giáo dục và Đào tạo, Sở Tư pháp, Sở Công Thương, Văn phòng UBND TP HCM, Thanh tra TP HCM. Ngoài ra, Sở An toàn thực phẩm được đề xuất tiếp tục thực hiện thí điểm.

Cụ thể, theo tờ trình của Sở Nội vụ, cơ quan chuyên môn thuộc UBND TP HCM được sắp xếp như sau: 

- Hợp nhất Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài chính thành Sở Tài chính và tiếp nhận Ban Đổi mới quản lý doanh nghiệp thành phố.

- Hợp nhất Sở Nội vụ, Sở Lao động - Thương binh và Xã hội thành Sở Nội vụ và tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về lao động, tiền lương, việc làm; người có công; an toàn, vệ sinh lao động; bảo hiểm xã hội; bình đẳng giới từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội.

- Hợp nhất Sở Thông tin và Truyền thông, Sở Khoa học và Công nghệ thành Sở Khoa học và Công nghệ.

- Thành lập Sở Dân tộc và Tôn giáo trên cơ sở sáp nhập Ban Tôn giáo thuộc Sở Nội vụ vào Ban Dân tộc.

- Hợp nhất Sở Xây dựng và Sở Quy hoạch và Kiến trúc thành Sở Xây dựng.

- Thành lập Sở Giao thông công chánh trên cơ sở Sở Giao thông vận tải tiếp nhận Văn phòng Thường trực Ban An toàn giao thông và một số chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về hạ tầng từ Sở Xây dựng chuyển sang.

- Hợp nhất Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành Sở Tài nguyên và Môi trường.

- Sở An toàn thực phẩm điều chỉnh tinh gọn cơ cấu tổ chức bộ máy bên trong thuộc thẩm quyền HĐND thành phố theo Nghị quyết số 98/2023/QH15.

Theo tờ trình, Sở Tư pháp chuyển Công an TP HCM thực hiện một số nhiệm vụ quản lý nhà nước về lý lịch tư pháp và thực hiện dịch vụ công cấp Phiếu lý lịch tư pháp, tinh gọn giảm đầu mối tổ chức bên trong.

- Sở An toàn thực phẩm tiếp tục duy trì thí điểm theo Nghị quyết số 98/2023/QH15, tinh gọn giảm đầu mối tổ chức bên trong.

- Sở Du lịch tinh gọn giảm đầu mối tổ chức bên trong.

- Thanh tra TP HCM tinh gọn giảm đầu mối tổ chức bên trong.

- Sở Văn hóa và Thể thao được tổ chức lại trên cơ sở tiếp nhận chức năng quản lý Nhà nước về báo chí, xuất bản từ Sở Thông tin và Truyền thông.

- Sở Tài chính được tổ chức lại trên cơ sở hợp nhất Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài chính và tiếp nhận Ban Đổi mới quản lý doanh nghiệp TP HCM.

- Sở Xây dựng được tổ chức lại trên cơ sở hợp nhất Sở Xây dựng và Sở Quy hoạch và Kiến trúc.

- Sở Giao thông công chánh được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Sở Giao thông vận tải và tiếp nhận Văn phòng Thường trực Ban An toàn giao thông, một số chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về hạ tầng từ Sở Xây dựng. Sở Giao thông vận tải chuyển Công an thành phố thực hiện một số nhiệm vụ quản lý nhà nước về sát hạch, cấp Giấy phép lái xe cơ giới đường bộ.

- Sở Tài nguyên và Môi trường được tổ chức lại trên cơ sở hợp nhất Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. 

- Chuyển chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của Văn phòng Điều phối Chương trình xây dựng nông thôn mới thành phố (từ Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thông chuyển sang) và Văn phòng Ban Chỉ đạo Chương trình giảm nghèo bền vững thành phố (từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội) về Phòng Kinh tế thuộc Văn phòng UBND TP HCM.

- Sở Khoa học và Công nghệ được tổ chức lại trên cơ sở hợp nhất Sở Thông tin và Truyền thông, Sở Khoa học và Công nghệ. Sở Thông tin và Truyền thông chuyển Công an thành phố thực hiện một số nhiệm vụ quản lý nhà nước về an toàn, an ninh thông tin mạng.

- Sở Nội vụ được tổ chức lại trên cơ sở hợp nhất Sở Nội vụ, Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về lao động, tiền lương, việc làm; người có công; an toàn, vệ sinh lao động; bảo hiểm xã hội; bình đẳng giới từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội. Sở Lao động - Thương binh và Xã hội chuyển Công an thành phố thực hiện một số nhiệm vụ quản lý nhà nước về cai nghiện ma túy và quản lý sau cai nghiện ma túy

- Sở Y tế được tổ chức lại trên cơ sở tiếp nhận lĩnh vực quản lý nhà nước về bảo trợ xã hội, trẻ em, phòng, chống tệ nạn xã hội; Quản lý sử dụng Quỹ Bảo trợ trẻ em từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội.

- Sở Giáo dục và Đào tạo được tổ chức lại trên cơ sở tiếp nhận lĩnh vực quản lý nhà nước về giáo dục nghề nghiệp từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội.

- Sở Công Thương được tổ chức lại trên cơ sở tiếp nhận Cục Quản lý thị trường Thành phố từ Bộ Công Thương và Trung tâm Tư vấn và Hỗ trợ chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp từ Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

- Sở Dân tộc và Tôn giáo được thành lập trên cơ sở sáp nhập Ban Tôn giáo thuộc Sở Nội vụ vào Ban Dân tộc.

- Giao Công an TP HCM tiếp nhận một số chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về cai nghiện ma túy và quản lý sau cai nghiện ma túy từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội; lý lịch tư pháp và thực hiện dịch vụ công cấp Phiếu lý lịch tư pháp từ Sở Tư pháp; sát hạch, cấp Giấy phép lái xe cơ giới đường bộ từ Sở Giao thông vận tải; an toàn, an ninh thông tin mạng từ Sở Thông tin và Truyền thông.