VKSND truy tố 67 bị cáo về 10 tội danh, gồm: Buôn lậu; vận chuyển trái phép hàng hóa tiền tệ qua biên giới; lừa đảo chiếm đoạt tài sản; nhận hối lộ; sản xuất, buôn bán hàng giả; làm giả tài liệu của cơ quan, tổ chức; sử dụng con dấu hoặc tài liệu giả của cơ quan tổ chức; vi phạm quy định về quản lý tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí; vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.

Trong 67 bị cáo, cựu Phó cục trưởng Cục Thuế TPHCM Nguyễn Thị Bích Hạnh (54 tuổi) và 14 cấp dưới bị TAND TPHCM xét xử về tội vi phạm quy định về quản lý tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí; thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng; 3 bị cáo Đào Thị Nga (cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 1), Nguyễn Phương Nam (cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 3) và Ngô Huỳnh Lũy (cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 5) bị xét xử về tội nhận hối lộ hơn 7,3 tỷ đồng.

7 cán bộ hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực I (Hải quan TPHCM) bị xét xử về tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, gồm: Phạm Duy Bình, Hoàng Trung Kiên, Hồ Hoàng Hải, Nguyễn Duy Linh, Trần Văn Thành, Bùi Hữu Trên và Nguyễn Lê Hùng.

Chủ mưu vụ án được xác định là Trịnh Tiến Dũng, nhưng Dũng đang bỏ trốn và cư trú tại Mỹ từ năm 2019. Bộ Công an tách vụ án hình sự, tạm đình chỉ điều tra đối với bị can này, khi nào bắt được sẽ xử lý.

HĐXX xác định người bị hại trong vụ án là Cục Thuế TPHCM và Thuduc House. Phiên xử cũng triệu tập 284 người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan tham gia.

Theo cáo trạng, từ năm 2017 đến năm 2019, Trịnh Tiến Dũng chỉ đạo thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ, xuất nhập khẩu hàng hóa. Dũng thành lập, sử dụng 13 pháp nhân để ký các hợp đồng xuất nhập khẩu, giao nhận hàng hóa.

Từ tháng 2/2018 đến tháng 6/2019, Dũng chỉ đạo nhân viên móc nối với các nghi phạm tại Thuduc House để lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài để bán hàng hóa linh kiện điện tử cho các đối tác. Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỷ đồng), thuế giá trị gia tăng hàng xuất khẩu bằng 0%.

Để hợp thức đầu vào, Thuduc House lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá trị hơn 4.000 tỷ đồng, trong đó có 10% tiền thuế giá trị gia tăng. Sau đó, công ty này lập 19 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TPHCM đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng hơn 430 tỷ đồng. Khi tiếp nhận hồ sơ, Cục thuế TPHCM đã ban hành 15 quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng cho Thuduc House với tổng số tiền hơn 331 tỷ đồng.

Đối với 7 cán bộ Hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực I, cáo trạng xác định họ không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao dẫn đến việc không phát hiện được 4 lô hàng bị phân luồng "đỏ" khai báo hải quan không trùng khớp so với hàng hóa thực tế.