Trường hợp nhất, hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu của từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan quản lý thuế lần đầu, nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định, thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu.

Trong các trường hợp hoàn thuế lần đầu có hoàn thuế của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ dự án đầu tư; hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Đây là các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Ngoài ra, hoàn thuế GTGT đối với chương trình, dự án ODA viện trợ không hoàn lại; hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài cũng phải kiểm tra trước hoàn.

Hoàn thuế lần đầu theo quy định của pháp luật thuế tiêu thụ đặc biệt; hoàn thuế lần đầu đối với từng hợp đồng, hoặc thỏa thuận ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam theo quy định của Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên cũng thuộc trường hợp phải kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Trường hợp thứ hai, hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 2 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế.

Trường hợp thứ ba, hồ sơ hoàn thuế khi giao và chuyển giao (đối với doanh nghiệp nhà nước), giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, bán đối với tổ chức, doanh nghiệp. Trường hợp này thuộc diện kiểm tra quyết toán thuế để chấm dứt hoạt động, đã xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn, thì cơ quan thuế giải quyết hoàn trả trên cơ sở kết quả kiểm tra, không phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

Trường hợp thứ tư, hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro cao về thuế theo phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

Trường hợp thứ năm, hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp hoàn thuế trước, nhưng hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế, hoặc có giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế, nhưng không chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng.

Trường hợp thứ sáu, hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không thực hiện thanh toán qua ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác theo quy định của pháp luật cũng thuộc trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau.