Thông tư 40 nêu rõ, miễn phí, lệ phí trong lĩnh vực hàng không (trừ phí thẩm định cấp giấy phép ra vào khu vực hạn chế tại cảng hàng không, sân bay) quy định tại Biểu mức thu phí, lệ phí trong lĩnh vực hàng không ban hành kèm theo Thông tư số 193/2016/TT-BTC ngày 8/11/2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực hàng không.
Thông tư cũng quyết định miễn phí, lệ phí hàng hải đối với tàu thuyền vào, rời khu vực hàng hải quy định tại Chương III Thông tư số 261/2016/TT-BTC ngày 14/11/2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về phí, lệ phí hàng hải và biểu mức thu phí, lệ phí hàng hải được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 90/2019/TT-BTC và Thông tư số 74/2021/TT-BTC.
Ngoài ra, miễn phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa đối với phương tiện thủy nội địa hoạt động giữa các cảng, bến thủy nội địa của Việt Nam quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư số 39/2026/TT-BTC ngày 31/3/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa.
Miễn phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do Nhà nước đầu tư quy định tại điểm a khoản 1 Điều 3 Thông tư số 11/2026/TT-BTC ngày 10/2/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí thuộc lĩnh vực đường sắt.
Về hiệu lực thi hành, thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 7/4/2026 đến hết ngày 30/6/2026. Từ ngày 1/7/2026, các khoản phí, lệ phí quy định trên thực hiện theo quy định tại các thông tư được viện dẫn và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế (nếu có).
Thông tư quy định không áp dụng mức thu đối với một số loại phí, lệ phí đã nêu tại Số thứ tự 3 và 10 Điều 1 Thông tư 64/2025/TT-BTC, bao gồm phí thẩm định cấp chứng chỉ, giấy phép, giấy chứng nhận trong hoạt động hàng không dân dụng; phí đăng ký giao dịch bảo đảm đối với tàu bay; và phí trình báo đường thủy nội địa đối với phương tiện hoạt động giữa các cảng, bến thủy nội địa trong nước.
Việc không áp dụng các khoản phí này được thực hiện từ thời điểm thông tư có hiệu lực đến hết ngày 30/6/2026 nhằm hỗ trợ doanh nghiệp và người dân.
Đối với các nội dung khác như phạm vi điều chỉnh, đối tượng áp dụng, tổ chức thu, người nộp, kê khai và nộp phí, quản lý và sử dụng phí, chứng từ thu cũng như công khai chế độ thu phí, lệ phí, nếu không được quy định cụ thể tại thông tư này thì sẽ tiếp tục thực hiện theo các thông tư đã được viện dẫn, cùng với các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế (nếu có) và các quy định pháp luật có liên quan.
