Trước khi lượt trận cuối vòng bảng diễn ra chiều ngày 7/4 với các loạt trận ở bảng C, U19 HAGL đã kết thúc lịch thi đấu ở bảng A ở vị trí thứ 3 với 3 điểm và hiệu số -1. Đại diện phố núi không thể có quyền tự quyết vào tứ kết vì phải trông chờ vào một trong hai suất đứng thứ 3 với thành tích tốt nhất.

Tại bảng C, U19 Bình Định đã đánh bại đối thủ U19 Khánh Hòa với tỷ số 2-0 và xếp thứ 3 với 3 điểm và hiệu số là 0. Trước đó ở bảng B, U19 Sài Gòn đã kết thúc vòng bảng ở vị trí thứ 3 với 3 điểm và hiệu số là 0.

U19 HAGL vì thế không thể có vé đi tiếp. Các đại diện Bình Định và Sài Gòn là những đội vượt qua vòng bảng với tư cách những đội đứng thứ 3 có thành tích tốt nhất.

U19 Sài Gòn sẽ phải chạm trán với một đại diện khác của phố núi là U19 Học viện Nutifood-JMG tại tứ kết. Đội bóng dưới sự dẫn dắt của HLV Guillaume Graechen giành ngôi đầu sau 3 trận toàn thắng ở vòng bảng. Đội được đánh giá là một ứng viên sáng giá cho ngôi vô địch dù chỉ mới dự VCK U19 Quốc gia trong năm đầu tiên.

Đối với U19 HAGL, VCK U19 Quốc gia 2021 là giải đấu không như mong đợi. Thời điểm năm ngoái, đội bóng do HLV Chu Ngọc Cảnh dẫn dắt vào chung kết nhưng không thể vượt qua U19 PVF. U19 HAGL cũng chưa từng vô địch giải U19 Quốc gia kể từ khi giải đấu được tổ chức thường niên từ năm 2006.

Những đại diện khác góp mặt ở tứ kết có U19 PVF (nhất bảng A), U19 Hà Nội (nhất bảng B), U19 Sông Lam Nghệ An (nhì bảng A), U19 An Giang (nhì bảng B) và U19 Đồng Tháp (nhì bảng C).