Theo kết quả điều tra, thời điểm xảy ra vụ án, ông Lê Anh Phương giữ chức Hiệu trưởng Trường Đại học Sư phạm Huế (ĐHSP Huế) và đã thỏa thuận liên kết với Trường Đại học Ngoại ngữ Huế (ĐHNN Huế) để tổ chức ôn thi, cấp chứng nhận tiếng Anh B1 cho học viên các khóa cao học K29 và K30.
Theo quy định, ĐHSP Huế không có chức năng đào tạo, cấp chứng nhận B1, trong khi ĐHNN Huế là đơn vị được Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép tổ chức khảo thí năng lực ngoại ngữ. Từ năm 2020, ĐHNN Huế tổ chức các khóa ôn thi và thi chứng nhận B1 với mức thu 4,9 triệu đồng/học viên, đồng thời trích lại 30% kinh phí ôn thi để hỗ trợ các đơn vị phối hợp.
Quá trình triển khai, ông Phan Thanh Tiến, Phó Trưởng phòng Đào tạo ĐHNN Huế, đã liên hệ với ông Phương để phối hợp thu hồ sơ học viên. Tuy nhiên, việc liên kết trong năm 2020 không thực hiện được do ảnh hưởng của dịch COVID-19.
Đến tháng 7/2021, khi học viên khóa K29 chuẩn bị bảo vệ luận văn và cần chứng nhận tiếng Anh B1, ông Lê Anh Phương giao Nguyễn Văn Vinh, Phó Trưởng phòng Đào tạo sau đại học, trực tiếp thu hồ sơ và kinh phí.
Theo cáo buộc, ông Phương chỉ đạo nâng mức thu từ 4,9 triệu đồng lên 7,5 triệu đồng/học viên nhưng không đưa nội dung này ra Hội đồng trường để xem xét theo quy định.
Thực hiện chỉ đạo của ông Phương, Nguyễn Văn Vinh đã soạn thảo và trình ký hai thông báo thu tiền đối với 372 học viên khóa K29 (Thông báo số 1609/TB-ĐHSP ngày 29/7/2021) và 678 học viên khóa K30 (Thông báo số 2091/TB-ĐHSP ngày 27/9/2021).
Sau đó, Vinh chỉ đạo các chuyên viên của phòng cùng nhiều cá nhân tại các tỉnh, thành phố thu tiền của học viên rồi chuyển lại cho mình.
Tổng số tiền Vinh thu của hai khóa K29 và K30 là 7.875.000.000 đồng, trong đó khóa K29 thu 2.790.000.000 đồng và khóa K30 thu 5.085.000.000 đồng.
Trong số này, Vinh chuyển cho ĐHNN Huế 5.145.000.000 đồng theo mức thu quy định, còn giữ lại 2.730.000.000 đồng là khoản thu vượt. Ngoài ra, ĐHNN Huế còn trích lại cho ĐHSP Huế 1.164.000.000 đồng, tương ứng 30% kinh phí ôn thi theo chính sách hỗ trợ.
Theo cáo trạng, từ tổng số tiền 3.894.000.000 đồng gồm khoản thu vượt và khoản hỗ trợ 30%, hai bị cáo đã thực hiện nhiều khoản chi ngoài quy định như: hỗ trợ người thu hộ 209,2 triệu đồng; chi lệ phí thi lại, in ấn, quà Tết, bổ sung quỹ với số tiền hàng trăm triệu đồng; chi cho chuyên viên phòng hơn 100 triệu đồng và chi cho ông Phan Thanh Tiến 286 triệu đồng.
Sau khi chi tổng cộng 759.600.000 đồng, số tiền bị chiếm đoạt còn lại là 3.134.400.000 đồng. Trong đó, bị cáo Lê Anh Phương bị cáo buộc chiếm đoạt 3.070.000.000 đồng, còn Nguyễn Văn Vinh chiếm đoạt 64.400.000 đồng. Theo hồ sơ vụ án, số tiền này được Vinh nhiều lần giao trực tiếp bằng tiền mặt cho ông Phương.
Sau khi nghị án, HĐXX tuyên phạt bị cáo Lê Anh Phương 13 năm tù và Nguyễn Văn Vinh 6 năm tù về tội "Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản".
Trước đó ngày 1/7 TAND TP Huế đã đưa vụ án ra xét xử, kết thúc phần xét hỏi và tranh luận tại tòa, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị HĐXX tuyên phạt bị cáo Lê Anh Phương từ 13 đến 14 năm tù và bị cáo Nguyễn Văn Vinh từ 7 đến 8 năm tù.