Trước đó, trong các ngày 8 và 24/9/2019, Tòa án nhân dân (TAND) tỉnh Thanh Hóa đưa ra xét xử sơ thẩm công khai vụ án khởi kiện hành chính do Công ty TNHH Tập đoàn BĐS Đông Á (Tập đoàn BĐS Đông Á) có trụ sở tại phường Đông Hương, TP Thanh Hóa kiện ông Ngô Đình Hùng, Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hóa.

Theo đơn khởi kiện, Tập đoàn BĐS Đông Á được UBND tỉnh quyết định chấp thuận cho thực hiện Dự án Khu đô thị mới ven Sông Hạc với tổng diện tích 370,9 nghìn m2, theo hình thức đổi công trình hạ tầng lấy đất. Dự án này là một chuỗi hoạt động bất động sản, toàn bộ chi phí phát sinh thực tế trong quá trình thực hiện đầu tư dự án công ty hạch toán vào giá vốn bất động sản đầu tư.

Các chi phí đầu vào được công ty kê khai, khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào. Khi bán bất động sản, công ty ghi nhận doanh thu từ chuyển quyền sử dụng đất và doanh thu xây dựng cơ sở hạ tầng. Tuy nhiên, trong quá trình thanh tra Cục Thuế Thanh Hóa lại tách thành hai hoạt động trong cùng một dự án có tính chất đặc thù để thu thuế phần bất động sản, dẫn đến trùng lặp doanh thu chịu thuế VAT.

Ngoài ra, chi phí phát sinh trong quá trình thực hiện dự án, Cục Thuế Thanh Hóa lại tính vào chi phí hoạt động sản xuất kinh doanh, không chấp nhận cho công ty đưa vào giá vốn bất động sản.

Từ những lý do không đúng thực tế trên, Tập đoàn BĐS Đông Á đã làm đơn khiếu nại gửi đến Cục Thuế Thanh Hóa, nhưng đơn vị này không công nhận nội dung khiếu nại. 

Tập đoàn BĐS Đông Á tiếp tục có đơn khiếu nại tới Tổng cục Thuế. Ngày 24/5/2018 Tổng cục Thuế đã có Quyết định số 977/QĐ-TCT công nhận một phần nội dung đơn khiếu nại của Tập đoàn Đông Á. Theo đó, Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế Thanh Hóa có trách nhiệm điều chỉnh quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Tập đoàn Đông Á.

Mặc dù vậy, Cục Thuế Thanh Hóa vẫn không điều chỉnh quyết định theo yêu cầu của Tổng cục Thuế, buộc Tập đoàn BĐS Đông Á phải kiện Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hóa Ngô Đình Hùng ra tòa.

Sau khi TAND tỉnh Thanh Hóa thẩm vấn, nghe các bên trình bày quan điểm tranh luận, đồng thời xem xét những chứng cứ, hồ sơ của các cơ quan chức năng quyết định cho Tập đoàn Đông Á làm Khu đô thị ven sông Hạc, TAND tỉnh Thanh Hóa khẳng định ngày 6/9/2019 UBND tỉnh Thanh Hóa có Văn bản số 11857/UBND-NN trả lời Công văn số 4378/CV-TA của TAND tỉnh Thanh Hóa thể hiện, đến thời điểm hiện tại UBND TP Thanh Hóa và Tập đoàn Đông Á chưa tổ chức thực hiện việc nghiệm thu, bàn giao công trình đưa vào sử dụng đối với bất kỳ hạng mục nào của Dự án Khu đô thị mới ven Sông Hạc.

Giữa Tập đoàn BĐS Đông Á và UBND TP Thanh Hóa chưa lập biên bản nghiệm thu bàn giao, hiện tại toàn bộ công trình hạ tầng vẫn do doanh nghiệp đầu tư quản lý. Do đó, hoạt động xây dựng cơ sở hạ tầng theo dự toán đã được Nhà nước phê duyệt của Tập đoàn BĐS Đông Á chưa đủ điều kiện để lên doanh thu, xuất hóa đơn GTGT và nộp thuế GTGT. Việc Cục Thuế Thanh Hóa yêu cầu Tập đoàn BĐS Đông Á lên doanh thu, xuất hóa đơn, nộp thuế GTGT cho những hạng mục chưa nghiệm thu bàn giao và truy thu, xử phạt, thu tiền chậm nộp thuế GTGT đối với Đông Á là chưa đúng quy định của pháp luật.

Từ những phân tích trên, Hội đồng Xét xử TAND tỉnh Thanh Hóa đã tuyên chấp nhận yêu cầu của Tập đoàn Đông Á yêu cầu hủy một phần quyết định số 12/QĐ-CT ngày 04/01/2019 của Cục Thuế tỉnh Thanh Hóa liên quan đến nội dung thanh tra, truy thu, xử phạt, tiền chậm nộp thuế GTGT, thuế TNDN tại Dự án Khu đô thị ven sông Hạc của Tập đoàn Đông Á.

Không đồng tình với phán quyết của Toàn án Nhân dân tỉnh Thanh Hóa, Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hóa đã kháng cáo.

Ngày 13/6/2020, Tòa án cấp cao tại Hà Nội đã mở phiên xét xử phúc thẩm.

Trực tiếp có mặt tại phiên tòa, dù không đồng tình với một số nội dung của bản án sơ thẩm nhưng Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hóa đã không cung cấp thêm được các chứng cứ và giải trình thuyết phục trước hội đồng xét xử tòa án cao cấp tại Hà Nội.

Trả lời câu hỏi của Hội đồng xét xử về việc trước khi thanh tra và ra quyết định xử phạt,  Cục Thuế Thanh Hóa có hướng dẫn cụ thể bằng văn bản đối với Tập đoàn BĐS Đông Á về việc tách thành hai hoạt động trong cùng một dự án có tính chất đặc thù để thu thuế phần bất động sản hay không, ông Ngô Đình Hùng và những người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan thuộc Cục Thuế Thanh Hóa cho rằng: việc tuyên truyền, phổ biến chính sách pháp luật về thuế là việc làm thường xuyên. Tuy nhiên, đại diện Cục Thuế không cung cấp được văn bản hướng dẫn doanh nghiệp trong một sự án đặc thù.

Hội đồng xét xử nhận định, trước khi tiến hành thanh tra, xử phạt, Cục Thuế Thanh Hóa đã không có hướng dẫn đối với Tập đoàn BĐS Đông Á là thực hiện chưa đúng với tinh thần hỗ trợ doanh nghiệp phát triển của Chính phủ; đồng thời tuyên không chấp nhận kháng cáo của Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hóa, giữ nguyên bản án sơ thẩm của Toà án nhân dân tỉnh Thanh Hóa.

Liên quan đến một số vụ việc lùm xùm thời gian gần đây tại Cục thuế Thanh Hóa, theo nguồn tin riêng của PV báo Nhà báo & Công luận, mới đây, Công an tỉnh Thanh Hóa đã mời ông Ngô Đình Hùng, Cục trưởng làm việc liên quan đến trách nhiệm của người đứng đầu đối với các sai phạm xảy ra tại Cục thuế tỉnh Thanh Hóa từ đầu năm 2019 đến nay.

Trước đó, ngày 30/3, Cơ quan cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Thanh Hóa đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với ông Nguyễn Ngọc Đính, trưởng phòng Pháp chế, cục Thuế Thanh Hóa để điều tra về tội cưỡng đoàn tài sản.

Quang Duy