Cụ thể, bị can Nguyễn Đức Thái (cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam) bị truy tố tội "Nhận hối lộ". Các bị can Tô Mỹ Ngọc (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Phùng Vĩnh Hưng) và Nguyễn Trí Minh (Giám đốc Công ty Giấy Minh Cường Phát) bị truy tố cùng về tội "Đưa hối lộ".
Bị can Nguyễn Đức Thái cùng hai cấp dưới bị truy tố trong vụ án.
Nhóm bị can là các cựu lãnh đạo, nhân viên nhà xuất bản bị truy tố tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" gồm: Nguyễn Thị Thanh Thủy (cựu Trưởng Ban Kế hoạch Maketing), Đinh Quốc Khánh (cựu Phó trưởng Phòng in), Phạm Gia Thạch (cựu thành viên Hội đồng thành viên), Hoàng Lê Bách và Lê Hoàng Hải (cùng là cựu Phó Giám đốc)
Theo cáo trạng, mua giấy in sách giáo dục là hoạt động thường xuyên của Nhà xuất bản Giáo dục, sử dụng nguồn vốn sản xuất kinh doanh. Trước năm 2017, Nhà xuất bản Giáo dục đều áp dụng hình thức chào giá. Nhà xuất bản Giáo dục không thuộc trường hợp bắt buộc thực hiện theo các hình thức của Luật Đấu thầu nên có thể tự ban hành quy định riêng về hoạt động mua sắm, áp dụng thống nhất trong doanh nghiệp.
Từ năm 2017, Nguyễn Đức Thái được bổ nhiệm là Chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm đại diện pháp luật của Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, có quyền quyết định trong việc mua sắm giấy in phục vụ in sách giáo dục. Theo đề nghị của hai bị can Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh, ông Thái đã chỉ đạo thực hiện việc đấu thầu giấy in sai quy định.
Theo đó, hai bị can Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh lựa chọn mua sắm giấy in theo phương thức chào hàng cạnh tranh rút gọn, trái quy định của Luật Đấu thầu để hạn chế sự tham gia của các nhà thầu có năng lực, đồng thời tiết lộ thông tin trước khi phát hành hồ sơ yêu cầu, thông đồng và hợp thức hóa thủ tục đấu thầu để tạo điều kiện cho Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Công ty Minh Cường Phát được cung cấp giấy in cho Nhà xuất bản Giáo dục. Trong quá trình thực hiện các gói thầu, Nguyễn Đức Thái đã nhận hối lộ của hai nhà thầu Phùng Vĩnh Hưng và Minh Cường Phát tổng số tiền 24,9 tỷ đồng. Từ năm 2018 đến năm 2021, các công ty của Ngọc tham gia và trúng 10 gói thầu, tổng trị giá 1.593 tỷ đồng.
Sau khi được Thái giúp đỡ, trúng thầu và ký hợp đồng, Ngọc đều đặn đưa 4 tỷ đồng một năm để cảm ơn Thái. Trong 4 năm liền, cách thức đưa tiền đều giống nhau, thường vào các dịp cuối năm hoặc đầu năm dương lịch, Ngọc tự chuẩn bị số tiền 4 tỷ đồng đựng trong túi đựng quà Tết. Sau đó, Ngọc xách theo, mang đến phòng làm việc của Thái rồi để lại. Ngoài ra, vào dịp Tết Nguyên đán từ năm 2018 đến năm 2022, Ngọc đều đặn cảm ơn Thái số tiền 200 triệu đồng một năm, tổng số tiền là 1 tỷ đồng. Cơ quan điều tra xác định, Thái nhận hối lộ từ Ngọc 20 tỷ đồng và giúp nhóm công ty của Ngọc trúng 13 gói thầu, tổng trị giá hơn 2.100 tỷ đồng.
Đối với Nguyễn Trí Minh, cáo trạng xác định, năm 2017, Minh cũng đến gặp Thái và tự giới thiệu là đối tác cung cấp giấy nhiều năm cho Nhà xuất bản Giáo dục. Minh đề nghị và được Thái đồng ý tạo điều kiện cho Công ty Minh Cường Phát được tiếp tục cung cấp giấy cho Nhà xuất bản Giáo dục. Sau đó, Công ty Minh Cường Phát được đưa vào danh sách ngắn, được tham dự và trúng một gói thầu.
Đổi lại, Minh “tặng” Thái 400 triệu đồng kèm hộp bánh, chai rượu. Để được trúng các gói thầu tiếp theo, Minh còn nhiều lần hối lộ Thái với tổng số tiền hơn 4 tỷ đồng. Công ty Minh Cường Phát do vậy được trúng 5 gói thầu của Nhà xuất bản Giáo dục, tổng trị giá hơn 200 tỷ đồng.
Cáo trạng cho biết, trong quá trình điều tra, Nguyễn Đức Thái thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, đã nộp lại 3 tỷ đồng tiền nhận hối lộ, tự nguyện giao tài sản kê biên để khắc phục hậu quả vụ án.
