Theo cáo trạng, tháng 5/2024, Công an TP Hà Nội tiếp nhận tin báo liên quan việc Đoàn Bảo Châu phát trực tiếp trên kênh YouTube BBC Tiếng Việt và tài khoản Facebook cá nhân “Chau Doan”.
Ngày 24/4/2025, cơ quan điều tra khởi tố vụ án. Đến ngày 30/6/2025, Đoàn Bảo Châu bị khởi tố, ra lệnh bắt tạm giam. Do bị can đã bỏ trốn nên Công an TP Hà Nội ra quyết định truy nã đối với Đoàn Bảo Châu.
Kết quả điều tra Công an TP Hà Nội xác định Đoàn Bảo Châu đã lập tài khoản Facebook “Chau Doan” từ năm 2007. Trong giai đoạn 2016-2021, tài khoản này đăng tải nhiều clip phỏng vấn một số cá nhân.
Theo kết luận giám định được nêu trong cáo trạng, 6 clip chứa nội dung tuyên truyền luận điệu chiến tranh tâm lý, phao tin bịa đặt gây hoang mang; đồng thời xuyên tạc, vu khống, xúc phạm uy tín của tổ chức, danh dự và nhân phẩm cá nhân.
Trước khi bỏ trốn, Đoàn Bảo Châu thừa nhận giọng nói và hình ảnh trong các clip là của mình nhưng cho rằng bản thân không có mục đích chống Nhà nước.