Có 17 bị cáo phải ra hầu tòa trong vụ án này gồm: Trần Tùng (SN 1978, nguyên Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên), Trần Thị Quyên (SN 1986, Giám đốc Công ty Sen Vàng Đất Việt), Lê Thị Phượng (SN 1969, nguyên Chuyên viên Phòng Khoa giáo Văn xã, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương), Nguyễn Văn Văn (SN 1965, nguyên Phó Giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam), Lê Ngọc Tường (SN 1979, nguyên Phó Giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam), Nguyễn Mạnh Trường (SN 1980, nguyên Chuyên viên Phòng Vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông Vận tải), Vũ Hồng Quang (SN 1977, nguyên Phó Trưởng phòng Vận tải Hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông Vận tải), Trần Thanh Nhã (SN 1991, trú tại phường 3, quận Bình Thạnh, TP Hồ Chí Minh), Vũ Hoàng Dũng (SN 1987, trú tại phường Xuân La, quận Tây Hồ, Hà Nội), Nguyễn Mạnh Cương (SN 1977, Trưởng phòng Thương mại Điện tử Công ty Cổ phần thương mại hàng không Vietjet), Đặng Nhật Đức (SN 1975, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Top Agent Japan), Bùi Đăng Khoa (SN 1984, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Du ngoạn thế giới), Trương Thị Mỹ Dung (SN 1972, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thương mại Dịch vụ Du lịch Ánh Sao Thiên), Phạm Quốc Thắng (SN 1977, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn PNR), Trần Thị Ngân (SN 1984, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Ana Travel), Trần Minh Phụng (SN 1970, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại dịch vụ du lịch và Xây dựng Gia Huy), Nguyễn Xuân Thông (SN 1975, cựu cán bộ Công an).

Trong đó, bị cáo Trần Tùng bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về 2 tội: "Nhận hối lộ" (theo quy định tại Điều 354, khoản 4 – Bộ luật Hình sự) và “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” (theo quy định tại Điều 356, khoản 3 – Bộ luật Hình sự).

Năm bị cáo: Trần Thị Quyên, Lê Thị Phượng, Nguyễn Văn Văn, Lê Ngọc Tường, Nguyễn Mạnh Trường bị truy tố về tội “Nhận hối lộ” theo quy định tại Điều 354 – Bộ luật Hình sự.

10 bị cáo gồm: Vũ Hồng Quang, Trần Thanh Nhã, Vũ Hoàng Dũng, Nguyễn Mạnh Cương, Đặng Nhật Đức, Bùi Đăng Khoa, Trương Thị Mỹ Dung, Phạm Quốc Thắng, Trần Thị Ngân, Trần Minh Phụng bị truy tố về tội “Đưa hối lộ” theo quy định tại Điều 364 – Bộ luật Hình sự.

Riêng bị cáo Nguyễn Xuân Thông bị truy tố về tội “Che giấu tội phạm” theo quy định tại Điều 389,  khoản 1 - Bộ luật Hình sự.

Trong số 17 bị cáo, có 13 bị cáo tại ngoại, 4 bị cáo bị tạm giam. Có khoảng 20 luật sư đăng ký tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo.

Để chuẩn bị cho phiên tòa này, HĐXX đã triệu tập 53 người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan tới phiên xử. Đặc biệt, có 7 bị cáo tại giai đoạn 1 được triệu tập tới phiên tòa với tư cách là người làm chứng, người có quyền lợi nghĩa vụ liên quan hiện đang cải tạo tại các trại giam.

Theo cáo trạng, khi dịch COVID-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước để phòng chống dịch. Chính phủ giao cho Văn phòng Chính phủ, Tổ công tác của một số bộ, ngành, địa phương thực hiện quy trình cấp phép chuyến bay, cho chủ trương cách ly. 

Lợi dụng chủ trương của Đảng, Nhà nước và chức vụ quyền hạn được giao, một số cá nhân tại UBND các tỉnh, thành phố đã thỏa thuận đưa, nhận hối lộ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho các doanh nghiệp đưa công dân về nước cách ly y tế tại địa phương.

Các bị cáo đã trực tiếp hoặc qua trung gian móc nối, thỏa thuận với cán bộ thuộc Bộ Y tế đưa, nhận hối lộ với số tiền lớn để có văn bản chấp thuật, xét duyệt cho công dân (khách lẻ) về trên các chuyến bay đơn lẻ. Ngoài ra, có bị cáo lợi dụng vị trí công tác hướng dẫn, xúi giục người liên quan khai báo gian dối, che giấu tội phạm, gây cản trở việc điều tra, làm rõ tội phạm của cơ quan chức năng.

Trong số các bị cáo, nguyên Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên Trần Tùng bị Viện Kiểm sát xác định là đã nhận hối lộ 3 lần với tổng số tiền hơn 4,4 tỷ đồng. Ngoài ra, Tùng còn lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Thái Nguyên trong việc thực hiện 7 chuyến bay của bà Bùi Thị Kim Phụng, hưởng lợi số tiền hơn 3,2 tỷ đồng.