Nhóm bị can bao gồm cựu lãnh đạo, nhân viên Bộ Tài nguyên và Môi trường và Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Các bị can còn lại bị đề nghị truy tố về các tội danh khác như: “Buôn lậu”, “Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có”, “Gây ô nhiễm môi trường”, “Vi phạm quy định kế toán”…
Theo cáo trạng, năm 2013, một số lãnh đạo, cán bộ Bộ Tài nguyên và Môi trường có vi phạm trong việc cấp giấy phép khai thác khoáng sản số cho Công ty Thái Dương.
Thời điểm này, nhóm cựu cán bộ Tổng cục Địa chất và Khoáng sản được giao nhiệm vụ thẩm định hồ sơ, đứng đầu là bị can Nguyễn Văn Thuấn (khi đó là Tổng cục trưởng) dù biết Công ty Thái Dương không đủ điều kiện nhưng vẫn đề xuất lãnh đạo Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp giấy phép. Bị can Nguyễn Linh Ngọc (khi đó là Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường) ký giấy phép này.
Tại tỉnh Yên Bái, kết quả điều tra cho thấy, sau khi được cấp phép, Công ty Thái Dương không thực hiện đúng các nội dung theo quy định, đặc biệt là không tinh luyện quặng đất hiếm trước khi bán mà tiêu thụ quặng thô.
Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái biết những sai phạm của Công ty Thái Dương nhưng không tổ chức thanh tra, kiểm tra; không có biện pháp xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý để ngăn chặn, chấn chỉnh.
Năm 2021, khi Công ty Thái Dương làm thủ tục xin gia hạn Giấy phép khai thác khoáng sản số, Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái khi đó là Hồ Đức Hợp còn báo cáo không trung thực tới UBND tỉnh Yên Bái, che giấu sai phạm của doanh nghiệp. Do vậy, Công ty Thái Dương tiếp tục khai thác trái phép đất hiếm. Trong vụ án này, ông Nguyễn Thế Phước (Phó Chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái) có lời khai thể hiện, ông là người ký văn bản gửi Bộ Tài nguyên và Môi trường đề nghị gia hạn giấy phép cho Công ty Thái Dương.
Ngoài những sai phạm của cựu lãnh đạo, nhân viên Bộ Tài nguyên và Môi trường và Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái. Các bị can còn lại bị đề nghị truy tố về các tội danh như: “Buôn lậu”, “Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có”, “Gây ô nhiễm môi trường”, ... Trong đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định, Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Thái Dương là Đoàn Văn Huấn đã có hành vi bán trái phép hơn 10.292 tấn quặng hàm lượng TREO 18-20%, trị giá 403 tỷ đồng và 280.846 tấn quặng sắt, trị giá 333 tỷ đồng, qua đó hưởng lợi bất hợp pháp số tiền 736 tỷ đồng.
Đoàn Văn Huấn bị cáo buộc 3 tội danh gồm “Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên”, “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, “Gây ô nhiễm môi trường”.
