Ban được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Ban Quản lý Vịnh Hạ Long, Ban Quản lý Vườn Quốc gia Bái Tử Long và Ban Quản lý di tích và danh thắng thuộc Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch.
Đơn vị có chức năng tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý, bảo vệ, bảo tồn, tu bổ, tôn tạo, phục hồi và phát huy giá trị các di sản; tổ chức hoạt động du lịch, dịch vụ tại khu vực Di sản thiên nhiên thế giới Vịnh Hạ Long, Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc trên địa bàn Quảng Ninh (gồm Quần thể di tích và danh thắng đặc biệt Yên Tử, Khu di tích đặc biệt nhà Trần, Cụm di tích lịch sử quốc gia đặc biệt Bạch Đằng) và Vườn Quốc gia Bái Tử Long - Vườn Di sản ASEAN.
Ban Quản lý Di sản thế giới Vịnh Hạ Long - Yên Tử là đơn vị sự nghiệp công lập, có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng; chịu sự quản lý của UBND tỉnh và hướng dẫn chuyên môn của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Ngoại giao, Ủy ban Quốc gia UNESCO Việt Nam và các cơ quan có liên quan.
Ban Quản lý Di sản thế giới Vịnh Hạ Long - Yên Tử có Trưởng ban, các Phó Trưởng ban và 10 phòng, đơn vị trực thuộc: Văn phòng; Phòng Tài chính; Phòng Nghiệp vụ và tu bổ, tôn tạo di sản; Phòng Truyền thông và hợp tác quốc tế; Trung tâm Giám sát, an toàn và cứu hộ; Trung tâm Dịch vụ du lịch; Trung tâm Bảo tồn Vịnh Hạ Long 1; Trung tâm Bảo tồn Vịnh Hạ Long; Trung tâm Bảo tồn Vườn Quốc gia Bái Tử Long; Trung tâm Bảo tồn Di sản Yên Tử.
