Nguyên nhân bước đầu được xác định là do quá trình triển khai Nghị định 46 trong giai đoạn chuyển tiếp còn phát sinh một số vướng mắc liên quan đến việc xác định thẩm quyền và quy trình kiểm tra an toàn thực phẩm đối với hàng nhập khẩu có nguồn gốc thực vật. Điều này đã ảnh hưởng đến tiến độ thông quan, tạo áp lực cho doanh nghiệp trong cao điểm cận Tết Nguyên đán.
Trước tình hình trên, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đã chủ động, khẩn trương triển khai các biện pháp tháo gỡ. Dưới sự chỉ đạo của Bộ trưởng Trần Đức Thắng và lãnh đạo Bộ, các đơn vị chuyên môn gồm Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật, Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường đã phối hợp chặt chẽ với Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế) để rà soát quy định pháp luật, làm rõ thẩm quyền và thống nhất quy trình kiểm tra an toàn thực phẩm đối với hàng nhập khẩu có nguồn gốc thực vật.
Ngày 30/01/2026, lãnh đạo Bộ Nông nghiệp và Môi trường theo phân công đã tổ chức cuộc họp với các đơn vị liên quan nhằm rà soát toàn diện các điểm nghẽn pháp lý phát sinh trong quá trình triển khai Nghị định 46/2026/NĐ-CP, tập trung làm rõ trách nhiệm, thẩm quyền của các cơ quan trong công tác kiểm tra an toàn thực phẩm tại cửa khẩu.
Trên cơ sở ý kiến từ các đơn vị trực tiếp thực thi, Bộ đã chỉ đạo các cục chuyên môn khẩn trương phối hợp với Bộ Y tế để thống nhất cách hiểu, cách áp dụng quy định, bảo đảm không để xảy ra ách tắc do lúng túng trong giai đoạn chuyển tiếp chính sách. Đồng thời, Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật đã yêu cầu hệ thống kiểm dịch thực vật vùng chủ động xử lý hồ sơ theo đúng thẩm quyền, thực hiện báo cáo hằng ngày về tình hình thông quan, xác định rõ mục tiêu ưu tiên là giải phóng nhanh nông sản, giảm thiểu thiệt hại cho doanh nghiệp.
Đến chiều ngày 31/01/2026, theo báo cáo từ các cơ quan kiểm dịch thực vật vùng, tình trạng ùn ứ hàng hóa tại các cửa khẩu đã cơ bản được giải quyết, hoạt động thông quan dần trở lại bình thường, góp phần giảm áp lực cho doanh nghiệp trong giai đoạn cao điểm cận Tết Nguyên đán.
Trong thời gian tới, thực hiện chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Thành Long, Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ tiếp tục tổng hợp đầy đủ các khó khăn, vướng mắc phát sinh từ thực tiễn, gửi Bộ Y tế – cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo liên ngành Trung ương về an toàn thực phẩm – để báo cáo Chính phủ; đồng thời kiến nghị sớm ban hành văn bản hướng dẫn thống nhất, khắc phục các khoảng trống trong giai đoạn chuyển tiếp của Nghị định 46/2026/NĐ-CP.
Bộ Nông nghiệp và Môi trường khẳng định sẽ tiếp tục phối hợp chặt chẽ với các bộ, ngành liên quan nhằm bảo đảm yêu cầu quản lý an toàn thực phẩm theo quy định của pháp luật, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động lưu thông, xuất nhập khẩu hàng hóa, đáp ứng yêu cầu phát triển trong bối cảnh hội nhập ngày càng sâu rộng.
