Bộ Tài chính cho biết, Luật Thuế GTGT quy định các sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu thuộc diện không chịu thuế GTGT.
Trong khi đó, các sản phẩm cùng loại không do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt (trừ gỗ, măng) khi bán ra hoặc nhập khẩu thuộc diện chịu thuế GTGT với thuế suất 5%.
Luật Thuế GTGT hiện quy định hai phương pháp tính thuế gồm phương pháp khấu trừ và phương pháp tính trực tiếp. Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã áp dụng phương pháp khấu trừ, trừ trường hợp doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm và không tự nguyện áp dụng; hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp.
Để tránh vướng mắc trong thực tiễn, Bộ Tài chính cho rằng cần quy định rõ trường hợp nào không chịu thuế, trường hợp nào chịu thuế 5%, trường hợp không phải kê khai nộp thuế và trường hợp nộp thuế theo phương pháp trực tiếp khi kinh doanh nông sản, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế.
Tại dự thảo sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP, Bộ Tài chính đề xuất làm rõ khái niệm “sơ chế thông thường”, bao gồm các hoạt động như làm sạch, phơi, sấy, bóc vỏ, xay xát, cắt, ướp muối, bảo quản lạnh, đông lạnh… Nếu không xác định được, Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ căn cứ quy trình sản xuất để kết luận.
Dự thảo cũng quy định, doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi bán nông sản, thủy sản sơ chế cho doanh nghiệp khác ở khâu thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trường hợp bán cho hộ, cá nhân hoặc các đối tượng khác thì áp dụng thuế suất 5%.
Đối với hộ, cá nhân và các tổ chức nộp thuế theo phương pháp trực tiếp, khi kinh doanh các sản phẩm nêu trên, thuế GTGT phải nộp được tính bằng 1% trên doanh thu.
Ngoài ra, Bộ Tài chính đề xuất bãi bỏ quy định người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế, nhằm thống nhất với Luật Thuế GTGT sửa đổi, tháo gỡ “điểm nghẽn” và giảm vướng mắc trong hoàn thuế GTGT.
