Bắt đầu từ 13 giờ 30 phút chiều cùng ngày, Bộ Tư lệnh Thủ đô cùng với Ban Chỉ huy Quân sự huyện Đông Anh đã điều 7 xe chuyên dụng và 75 cán bộ, chiến sĩ tiến hành phun khử khuẩn toàn bộ Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cơ sở Đông Anh.
Tổng diện tích phun khử khuẩn là 150.000m2, gồm khuôn viên bệnh viện, nhà tiếp đón, sảnh tiếp đón khác, khu bảo vệ, khu khám chữa bệnh, khoa cấp cứu và nhà để xe của bệnh viện.
Binh chủng hóa học (Bộ Quốc phòng) đã sử dụng hơn 200.000 lít dung dịch để tiêu độc, khử trùng trên toàn bộ Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cơ sở 2.
Tại hiện trường, các cán bộ chiến sĩ khẩn trương tiến hành phun khử khuẩn trên diện rộng.
Các tuyến đường dẫn vào bệnh viện đều được phun khử khuẩn. Lực lượng chức năng tiến hành phun hoá chất khử khuẩn cách bệnh viện 100 mét.
Tổng diện tích được phun khử khuẩn bằng hoá chất lên đến 150.000 m2.
Những chiếc ống phun hóa chất Cloramin B cỡ lớn được sử dụng.
Việc phun khử khuẩn, tiêu độc được các đơn vị phối hợp chặt chẽ. Đến 14h30, lực lượng quân đội hoàn thành nhiệm vụ, toàn bộ khí tài và chiến sĩ đều được phun hóa chất tẩy trùng để đảm bảo không mang mầm bệnh ra bên ngoài.