Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Tài chính Phan Văn Mãi cho biết, sau khi tiếp thu chỉnh lý, dự thảo Luật gồm có 8 chương, 59 điều, giảm 3 điều so với dự thảo Luật trình Quốc hội tại Kỳ họp thứ 8. Dự thảo Luật đã cắt giảm 7/24 (khoảng 30%) thủ tục hành chính; khoảng 50% số thủ tục trình lên Thủ tướng Chính phủ được cắt giảm hoặc phân cấp cho cơ quan đại diện chủ sở hữu, tăng cường phân cấp cho doanh nghiệp.
Quá trình góp ý, một số ý kiến đề nghị nghiên cứu, quy định đối tượng áp dụng bao gồm doanh nghiệp có vốn nhà nước đầu tư trực tiếp từ dưới 50% vốn điều lệ. Tiếp thu ý kiến đại biểu, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã chỉ đạo rà soát, bổ sung quy định để quản lý doanh nghiệp có vốn nhà nước đầu tư trực tiếp từ dưới 50% vốn điều lệ là "Người đại diện phần vốn nhà nước đầu tư tại công ty cổ phần, công ty TNHH hai thành viên".
Ngoài ra, dự thảo Luật đã chỉnh lý, hoàn thiện quy định về người đại diện phần vốn nhà nước tại công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên, bảo đảm bao quát cả việc quản lý và đầu tư vốn nhà nước theo phần vốn đầu tư tại doanh nghiệp có từ 50% vốn nhà nước trở xuống theo nguyên tắc ở đâu có vốn của nhà nước thì ở đó phải có quản lý của Nhà nước với biện pháp với mức độ phù hợp. Nhiều ý kiến đề nghị làm rõ quy định "vốn nhà nước sau khi đã đầu tư vào doanh nghiệp được xác định là tài sản, vốn của pháp nhân doanh nghiệp".
Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, việc quy định nội dung trên tại dự thảo Luật có thể phát sinh những bất cập, vướng mắc. Đó là Luật Doanh nghiệp không quy định cụ thể tài sản góp vốn đã đầu tư vào doanh nghiệp là tài sản, vốn của pháp nhân doanh nghiệp, nếu bổ sung nguyên tắc này có thể xung đột với khái niệm vốn nhà nước tại doanh nghiệp được quy định tại khoản 6 Điều 3 dự thảo Luật. Đối tượng áp dụng của dự thảo Luật là doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ trên 50% vốn điều lệ và dưới 50% vốn điều lệ do đó ngoài vốn nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp còn có vốn của các thành viên góp vốn/cổ đông khác.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã chỉ đạo rà soát, quy định phạm vi đầu tư vốn của nhà nước vào doanh nghiệp là những lĩnh vực mà nhà nước cần đầu tư vốn, gồm: Doanh nghiệp cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích thiết yếu cho xã hội; doanh nghiệp trực tiếp phục vụ quốc phòng, an ninh; doanh nghiệp hoạt động tại những địa bàn trọng yếu về quốc phòng, an ninh; doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực độc quyền tự nhiên; doanh nghiệp phát triển khoa học công nghệ, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số quốc gia; ứng dụng công nghệ cao, đầu tư lớn, xây dựng các công trình kết cấu hạ tầng trọng điểm, quan trọng quốc gia, tạo động lực phát triển nhanh cho các ngành, lĩnh vực khác và nền kinh tế; doanh nghiệp thuộc lĩnh vực then chốt, thiết yếu của nền kinh tế.
Để tạo sự chủ động cho doanh nghiệp trong quyết định chiến lược kinh doanh, kế hoạch kinh doanh hằng năm, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã chỉ đạo tiếp thu ý kiến đại biểu, rà soát, chỉnh lý Điều 17 dự thảo Luật. Theo đó, Hội đồng thành viên, Chủ tịch công ty quyết định việc ban hành, điều chỉnh chiến lược kinh doanh, kế hoạch kinh doanh hằng năm của doanh nghiệp căn cứ vào kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội và hằng năm, các nhiệm vụ, chỉ tiêu cơ bản được đại diện chủ sở hữu nhà nước giao. Đồng thời, giao Chính phủ quy định chi tiết điều này.
Quy định tại dự thảo Luật đã phân quyền cho doanh nghiệp ban hành chiến lược kinh doanh và kế hoạch kinh doanh hằng năm, tạo sự chủ động trong điều hành hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, khắc phục tình trạng chậm trễ do chậm phê duyệt chiến lược và kế hoạch trong thời gian vừa qua.
Để xử lý những vấn đề thực tiễn phát sinh về phân phối lợi nhuận sau thuế, dự thảo Luật đã chỉnh lý theo hướng lợi nhuận sau thuế sau khi chia lãi cho các thành viên góp vốn theo hợp đồng hợp tác kinh doanh (nếu có); bù đắp lỗ của các năm trước đã hết thời hạn được trừ vào lợi nhuận trước thuế theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp; xử lý các chi phí theo quy định của luật chuyên ngành. Ngoài ra, xử lý chi phí đầu tư thất bại tại các dự án đầu tư có tính đặc thù, rủi ro cao nhưng không được quy định tại Luật chuyên ngành, chi phí đổi mới sáng tạo, dự án đổi mới thất bại, chi phí thực hiện nhiệm vụ chính trị do cấp có thẩm quyền giao theo quy định của Chính phủ. Phần còn lại được trích lập các quỹ và nộp ngân sách nhà nước...
