Hai năm sau, tháng 8/1969 trường được chuyển ra bản Xốp Thạng, xã Hữu Lập, nhưng vẫn giữ tên trường như cũ.
Để tiện cho việc quản lý, đi lại, học tập, tháng 11/1973, trường chuyển lên bản Phẩy, xã Tà Cạ (Thị trấn Mường Xén) cho đến bây giờ. Năm học 1973 – 1974, trường bắt đầu tuyển sinh cấp 3, và cũng từ đó, trường đổi tên thành trường Phổ thông Trung học rẻo cao Kỳ Sơn. Qua mấy kỳ tách, nhập, thay đổi tên gọi và chức năng, nhiệm vụ, tháng 8/2013, trường được mang tên trường THPT Kỳ Sơn.
Phòng trọ của học sinh nhà trường vốn đã xập xệ, ngày càng xuống cấp nghiêm trọng.
Là trường THPT duy nhất của huyện miền núi biên giới xa xôi và khó khăn nhất của tỉnh Nghệ An, hơn 94% học sinh của trường là con em đồng bào dân tộc thiểu số, gồm Thái, H. Mông, Khơ mú. Năm học 2010 -2011, trường có 1.266 em theo học.
Hầu hết đều ở xa gia đình, phải tự thuê phòng trọ, lo nấu ăn nấy. Vì vậy các em phải sống trong điều kiện rất khó khăn, thiếu thốn về cơ sở vật chất, ảnh hưởng lớn đến đời sống, sức khỏe và việc học hành.
Tình trạng bỏ học vì kinh tế gia đình khó khăn không kham nổi việc tự túc ăn, ở, mặt khác do không có ký túc xá, các em phải thuê phòng trọ rải rác trên 4 xã và thị trấn, xa nhà trường và thiếu sự quản lý của bố mẹ, ảnh hưởng lớn đến chất lượng học tập, sự rèn luyện, tu dưỡng của các em.
Tuy được thành lập đã 54 năm nay, nhưng mãi đến năm 1994 trường mới được xây dựng nhà ký túc xá 2 tầng khép kín cho học sinh nội trú. Sau 27 năm nhà cửa đã hư hỏng nặng, không thể sửa chữa, sử dụng được. Mặt khác, từ năm học 2013 -2014 đến nay, sau khi áp dụng Nghị định 116/2016/NĐ–CP của Chính phủ, chế độ nội trú của các em đã bị cắt bỏ. Các phòng học và nhà ở của cán bộ, giáo viên hầu hết là bằng gỗ, thưng ván, lợp bằng lá cọ hoặc tôn nên mùa hè rất nóng, mùa đông bị gió lùa rét thấu thịt da.
Làm việc với lãnh đạo địa phương và nhà trường cũng như các phụ huynh ai nấy đều chung nguyện vọng, mong muốn Đảng và chính quyền các cấp tỉnh, huyện quan tâm tới dân trí miền núi cao biên giới, đầu tư xây dựng về cơ sở vật chất hạ tầng, trang thiết bị... để giúp thầy trò giảm bớt khó khăn, nâng cao chất lượng dạy và học, nhằm tạo nguồn nhân lực có chất lượng giúp Kỳ Sơn vươn lên tiến kịp các huyện bạn.
Nghi Ân
