Theo quy định mới, cơ quan cấp phép xây dựng được thực hiện đồng thời thủ tục cấp phép xây dựng các công trình, dự án với thủ tục điều chỉnh thời hạn tiến độ dự án sau khi đã báo cáo, đề xuất với UBND Thành phố (trong trường hợp các công trình, dự án thuộc đối tượng phải điều chỉnh thời hạn đầu tư theo quy định).

Về thẩm quyền, UBND Thành phố Hà Nội uỷ quyền việc cấp Giấy phép xây dựng cho Sở Xây dựng Hà Nội, Ban quản lý các Khu công nghiệp và Chế xuất Hà Nội, Ban quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc cấp giấy phép cho các công trình cấp II trở lên thuộc phạm vi quản lý nhưng không bao gồm nhà ở riêng lẻ với mọi quy mô.

Như vậy, toàn bộ nhà ở riêng lẻ không kể quy mô từ nay sẽ thuộc thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng của UBND cấp huyện. Trường hợp nhà ở riêng lẻ nằm trên địa giới hành chính của 2 quận, huyện, thị xã trở lên thì thẩm quyền được xác định theo địa chỉ lối vào chính của công trình.

Trong trường hợp UBND cấp huyện điều chỉnh Giấy phép xây dựng, nếu công trình sau điều chỉnh có quy mô từ cấp II trở lên thì UBND cấp huyện được giải quyết cấp phép sau khi có ý kiến của cơ quan cấp phép có thẩm quyền tại khoản 1 Điều 3 của quy định này (là các cơ quan có thẩm quyền cấp phép các công trình từ cấp II trở lên).

Một điểm mới nữa cần được nhắc đến là thời gian tồn tại của công trình được cấp Giấy phép xây dựng có thời hạn không quá 5 năm tính từ ngày được cấp giấy phép. Thời hạn tồn tại 5 năm có thể được gia hạn nếu chủ đầu tư yêu cầu. (theo quy định cũ, công trình được cấp phép có thời hạn tồn tại cho đến khi Nhà nước thu hồi đất để thực hiện quy hoạch mà không cần gia hạn).

Đối với việc cấp phép xây dựng cho công trình có dấu hiệu vi phạm trật tự xây dựng, cơ quan cấp Giấy phép xây dựng căn cứ theo quy định về điều kiện cấp phép xây dựng của pháp luật để cấp phép đồng thời thông báo đến chính quyền địa phương để tổ chức kiểm tra, xử lý nếu có dấu hiệu vi phạm theo quy định. Trước kia cần phải có xác nhận của cơ quan có thẩm quyền quản lý trật tự xây dựng về việc công trình đã được xử lý vi phạm.

Những quy định mới nêu trên đã phân định được rõ ràng thẩm quyền về cấp Giấy phép xây dựng đối với nhà ở riêng lẻ trên địa bàn thành phố, về cấp phép các công trình có vi phạm trật tự xây dựng.

Tuy nhiên, đối với dự án đầu tư xây dựng có nhiều cấp công trình khác nhau nếu áp dụng theo quy định sẽ dẫn đến thẩm quyền cấp phép của một dự án do nhiều cơ quan giải quyết.

Đơn cử, Sở Xây dựng, Ban quản lý các Khu công nghiệp và Chế xuất Hà Nội, Ban quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc chỉ cấp Giấy phép xây dựng cho các công trình xây dựng cấp II trở lên, còn các công trình cấp III, IV trong cùng dự án lại thuộc thẩm quyền của UBND cấp huyện. Đây là một bất cập trong quản lý hoạt động đầu tư xây dựng, chưa thuận lợi cho các chủ đầu tư do phải nộp hồ sơ xin phép xây dựng tại nhiều cơ quan khác nhau đối với một dự án có nhiều cấp công trình.