Theo thông tin điều tra ban đầu, vào sáng 12/2, nam sinh Nguyễn Văn N. đến bến xe Miền Đông thì không liên lạc với người nhà, mà đi xe ôm đến Đại học Công nghệ (Hutech) trên địa bàn quận Bình Thạnh, TP. HCM.
Cơ quan chức năng xử lý hiện trường phát hiện thi thể nam sinh sáng 15/2/
Sau đó, N. đi xe ôm khác đi đến địa điểm khác ở đường D2. N. đi bộ đến một khách sạn trên đường Ung Văn Khiêm, sau đó thuê phòng tại đây nghỉ ngơi.
Đến 3h55 ngày 13/2, N. rời khách sạn, mang theo balô hướng về khu Tân Cảng. Công an ghi nhận nạn nhân đi đến hẻm 243 đường Ung Văn Khiêm, rồi đi ra hướng ra sông Sài Gòn.
4h sáng 13/2, N. đã đi ra hướng bờ sông, camera khu vực này ghi nhận nạn nhân đã tự tử.
Quá trình khám nghiệm tử thi, khám nghiệm hiện trường, N. chết do ngạt nước, trong balô đeo sau lưng có một cục đá 10kg.
Trước đó, ngày 13/2, chị Hồ Thị Cẩm Nhung (22 tuổi, ngụ tỉnh Bình Định, tạm trú quận Bình Thạnh) đến Công an phường 26 (Q. Bình Thạnh) trình báo trưa 11/2, N. (em họ chị Nhung) đi xe khách từ Bình Định vào TP. HCM, đến khoảng 4h sáng 12/2, N. đến bến xe Miền Đông nhưng sau đó không ai liên lạc được.
Nhận tin báo, Công an quận Bình Thạnh chỉ đạo một số đội nghiệp vụ phối hợp công an nhiều phường lân cận, rà soát địa bàn, tìm kiếm N.. Qua trích xuất camera của bến xe Miền Đông, xác định khoảng 4h45 sáng 12-2, ông M. (62 tuổi, tài xế xe ôm) chạy xe máy chở N. ra khỏi khu vực bến xe.
Qua làm việc, ông M. cho biết đã chở N. đến cổng Trường đại học Công nghệ TP. HCM (phường 25, quận Bình Thạnh), N. xuống xe và đi đâu thì ông không rõ.
Đến sáng 15/2, công an nhận tin báo phát hiện một xác chết trôi sông (khuôn mặt bị biến dạng trong thời kỳ phân hủy) gần khu vực cầu Bình Lợi cũ (phường 13, quận Bình Thạnh) nên xuống hiện trường xử lý. Qua công tác nghiệp vụ, nhận dạng người thân, xác định thi thể trôi sông chính là nam sinh Nguyễn Văn N. mất tích trước đó.
Kết quả pháp y sơ bộ cho thấy nạn nhân chết do ngạt nước, thời gian chết khoảng 2-3 ngày trước đó. Trong quá trình khám nghiệm tử thi, cơ quan chức năng nghi vấn về những chất dịch có trong dạ dày, khoang ngực nên đã lấy mẫu xét nghiệm độc chất.
