Theo Quyết định 2512/QĐ-UBND về Quy hoạch tổng thể Thủ đô Hà Nội tầm nhìn 100 năm, thành phố đưa ra phương án khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước và phòng chống tác hại do nước gây ra.
Theo đó, tài nguyên nước được phân thành 3 vùng dựa trên đặc điểm tự nhiên, nguồn nước và nhu cầu sử dụng tương đối đồng nhất. Cụ thể, vùng I bao gồm khu vực phía Tây và Tây Nam của Thành phố Hà Nội, chủ yếu là các xã, phường thuộc vùng bán sơn địa và trung du. Vùng II bao gồm khu vực trung tâm và phía Nam của thành phố Hà Nội, tập trung các xã, phường có mật độ dân cư cao, mức độ đô thị hóa lớn và nhu cầu sử dụng nước đa dạng cho sinh hoạt, công nghiệp và dịch vụ.
Vùng III bao gồm khu vực phía Bắc Sông Hồng, là các xã, phường thuộc vùng chuyển tiếp giữa đồng bằng và trung du, có điều kiện địa chất thủy văn và chế độ nguồn nước đặc thù, chịu ảnh hưởng của sông Hồng, sông Đuống và các phụ lưu liên quan.
Hà Nội xác định ưu tiên hàng đầu là bảo đảm cấp nước sinh hoạt trong mọi tình huống. Trong điều kiện bình thường, nguồn nước sẽ đáp ứng nhu cầu cho các ngành. Tuy nhiên, khi xảy ra hạn hán hoặc thiếu nước, thành phố sẽ hạn chế phân bổ cho các hoạt động tiêu thụ nhiều nước, chưa cấp thiết, sử dụng nước không hiệu quả, gây thất thoát, lãng phí để ưu tiên cho mục đích sinh hoạt, các nhu cầu thiết yếu, các ngành sử dụng nước đem lại hiệu quả kinh tế cao.
Để bảo vệ tài nguyên nước, thành phố sẽ kiểm soát chặt hoạt động khai thác nước, xả nước thải và chất thải vào nguồn nước nhằm ngăn ngừa ô nhiễm, bảo đảm chức năng của các nguồn nước tự nhiên. Nhiều dòng sông như Ngũ Huyện Khê, Nhuệ, Đáy, Cầu Bây, Tích, Tô Lịch, Kim Ngưu, Lừ và Sét được đưa vào diện phục hồi chất lượng nước.
Bên cạnh đó, Hà Nội sẽ tăng cường quản lý không gian tiêu thoát nước, bảo đảm lưu thông dòng chảy trên các sông, kênh, mương; đồng thời siết bảo vệ chất lượng nước tại các ao, hồ, đầm, đặc biệt là các hồ điều hòa, hồ cấp nước và hồ gắn với giá trị văn hóa, lịch sử.
Đối với nguồn nước dưới đất, thành phố sẽ xây dựng mạng lưới quan trắc tài nguyên nước, khoanh định khu vực hạn chế khai thác nước ngầm, phục hồi các tầng chứa nước bị suy thoái, cạn kiệt hoặc ô nhiễm. Hà Nội cũng định hướng tăng cường bổ sung nhân tạo cho nước dưới đất từ nguồn nước mưa tại các khu vực đô thị, đồng thời quản lý chặt hoạt động khai thác nước ngầm ở nơi có nguy cơ sụt lún đất.
Trong công tác phòng chống tác hại do nước gây ra, thành phố sẽ triển khai các biện pháp chống sạt lở bờ sông, xây dựng bản đồ nguy cơ sạt lở và lắp đặt hệ thống cảnh báo sớm tại các khu vực có nguy cơ cao. Hoạt động khai thác cát, sỏi trên sông sẽ tiếp tục được kiểm soát chặt chẽ. Thành phố cũng tăng cường quản lý việc xây dựng khu đô thị, khu dân cư lấn chiếm không gian thoát nước hoặc làm gia tăng nguy cơ sạt lở.
Ngoài ra, Hà Nội sẽ nâng cao năng lực dự báo, cảnh báo hạn hán và thiếu nước, đánh giá khả năng tích trữ của các hồ chứa cũng như năng lực khai thác nước dưới đất để xây dựng phương án sử dụng nguồn nước phù hợp trong từng tình huống.