Theo Thông tư của Bộ Y tế, Lãnh đạo Trạm Y tế cấp xã gồm: Giám đốc và Phó Giám đốc, số lượng Phó Giám đốc thực hiện theo quy định của pháp luật và của cấp có thẩm quyền.
Giám đốc, Phó Giám đốc Trạm Y tế cấp xã do Chủ tịch UBND cấp xã quyết định bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, kéo dài thời gian giữ chức vụ, miễn nhiệm, từ chức, cho thôi giữ chức vụ quản lý theo quy định của pháp luật.
Các tổ chức tối thiểu thuộc Trạm Y tế cấp xã gồm có: Văn phòng hoặc Phòng Hành chính tổng hợp; Phòng Dân số, trẻ em, bảo trợ xã hội; Khoa Phòng bệnh, an toàn thực phẩm; Khoa Khám bệnh, chữa bệnh; Khoa Dược, thiết bị y tế, cận lâm sàng;
Ngoài ra các điểm trạm là tổ chức trực thuộc Trạm Y tế cấp xã, được tổ chức để triển khai thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng, nhiệm vụ của Trạm Y tế cấp xã bảo đảm cung ứng dịch vụ y tế cho người dân.
Giám đốc Trạm Y tế cấp xã ban hành chức năng, nhiệm vụ và mối quan hệ công tác đối với các tổ chức thuộc Trạm Y tế cấp xã.
Thông tư có 4 Chương, 9 điều bao gồm các Chương: Quy định chung; Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn; Cơ cấu tổ chức, nhân lực và điều khoản thi hành. Tại Chương II, trong điều 4 quy định về nhiệm vụ, quyền hạn nêu chi tiết, cụ thể 22 nhóm nhiệm vụ, quyền hạn, trong đó ngoài 21 nhóm nhiệm vụ chuyên ngành, nhóm thứ 22 nêu thông tin: "Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác do cấp có thẩm quyền giao theo quy định của pháp luật".
Trạm Y tế cấp xã, phường, đặc khu có chức năng cung cấp, thực hiện dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật thuộc các lĩnh vực: phòng bệnh; khám bệnh, chữa bệnh; quản lý, nâng cao sức khỏe cộng đồng; bảo vệ, chăm sóc bà mẹ và trẻ em; chăm sóc người cao tuổi, người khuyết tật; bảo trợ xã hội; dân số; an toàn thực phẩm; dược; thiết bị y tế và các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.
Cùng với đó Điều 4 Thông tư 43/2025/TT-BYT quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của Trạm Y tế xã, phường, đặc khu thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương từ 1/1/2026.
