Theo đó, Bộ Nông nghiệp và Môi trường là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: nông nghiệp; lâm nghiệp; diêm nghiệp; thủy sản; thủy lợi; phòng chống thiên tai; phát triển nông thôn; đất đai; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản, địa chất; môi trường; khí tượng thuỷ văn; biến đổi khí hậu; đo đạc và bản đồ; quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo; viễn thám; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của bộ.

Bộ Nông nghiệp và Môi trường thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Luật Tổ chức Chính phủ, quy định của Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ và những nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể sau:

Về trồng trọt và bảo vệ thực vật, Bộ Nông nghiệp và Môi trường chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra hoạt động trồng trọt; việc phát triển vùng cây trồng, sản xuất nông sản thực phẩm an toàn; sản xuất trồng trọt giảm phát thải, sản xuất tuần hoàn, thích ứng với biến đổi khí hậu; công tác bảo vệ và kiểm dịch thực vật; xây dựng lộ trình và hướng dẫn cấp mã số vùng trồng, cơ sở đóng gói trên phạm vi toàn quốc theo quy định của pháp luật; chỉ đạo thực hiện về cơ cấu cây trồng; canh tác, kỹ thuật trồng trọt, thu hoạch; tổng kết, đánh giá thực hiện kế hoạch sản xuất trồng trọt hàng năm; ban hành kế hoạch chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa phạm vi toàn quốc; chỉ đạo, hướng dẫn về trồng trọt hữu cơ; về giống cây trồng nông nghiệp, phân bón và thuốc bảo vệ thực vật theo quy định của pháp luật...

Về lâm nghiệp, Bộ Nông nghiệp và Môi trường chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện quy định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về cơ chế, chính sách phát triển lâm nghiệp; quy chế quản lý rừng đặc dụng, rừng phòng hộ, rừng sản xuất; quản lý hệ thống rừng đặc dụng, rừng phòng hộ, rừng sản xuất; bảo vệ các hệ sinh thái rừng, các loài sinh vật rừng; chỉ đạo, hướng dẫn các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương việc thành lập khu rừng đặc dụng, khu rừng phòng hộ; chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyển loại rừng, chuyển mục đích sử dụng rừng đặc dụng, rừng phòng hộ, rừng sản xuất sang mục đích khác theo quy định pháp luật; tổ chức thực hiện nhiệm vụ về phòng cháy và chữa cháy rừng; chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về sản xuất lâm nghiệp, nông nghiệp, thủy sản kết hợp nuôi, trồng phát triển, thu hoạch lâm sản ngoài gỗ, cây dược liệu trong các loại rừng theo quy định của pháp luật...

Về thủy sản, Bộ Nông nghiệp và Môi trường chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các quy định về quản lý các loài thủy sản nguy cấp, quý hiếm, khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, quản lý nguồn lợi thủy sản trong khu bảo tồn đất ngập nước theo quy định của pháp luật; hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện quy định pháp luật về cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá; quy định quản lý về an toàn tàu cá, thông tin phòng tránh thiên tai cho ngư dân và tàu cá trên biển; chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc nuôi trồng thủy sản; quy trình, kỹ thuật, mùa vụ nuôi trồng thủy sản; tổ chức thực hiện lưu giữ giống gốc, loài thủy sản bản địa có giá trị kinh tế...

Về đất đai, Bộ Nông nghiệp và Môi trường hướng dẫn, kiểm tra việc đo đạc, chỉnh lý, lập bản đồ địa chính, bản đồ hiện trạng sử dụng đất, bản đồ quy hoạch sử dụng đất và các bản đồ chuyên ngành về quản lý, sử dụng đất; hướng dẫn, kiểm tra công tác thống kê, kiểm kê đất đai; tổ chức thống kê, kiểm kê đất đai định kỳ; hướng dẫn, kiểm tra việc giao đất, cho thuê đất, thu hồi đất, công nhận quyền sử dụng đất, trưng dụng đất, chuyển mục đích sử dụng đất, đấu giá quyền sử dụng đất, đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư thực hiện dự án có sử dụng đất; hướng dẫn, kiểm tra công tác bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất, trưng dụng đất; công tác phát triển, quản lý và khai thác quỹ đất...

Về địa chất và khoáng sản, Bộ Nông nghiệp và Môi trường tổ chức lập, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chiến lược địa chất, khoáng sản và công nghiệp khai khoáng; các quy hoạch về địa chất, khoáng sản theo quy định của pháp luật về địa chất, khoáng sản và phân công của Chính phủ; tổ chức đấu giá quyền khai thác khoáng sản thuộc thẩm quyền cấp giấy phép; tổ chức thực hiện đăng ký hoạt động điều tra cơ bản địa chất, điều tra địa chất về khoáng sản; thống kê, kiểm kê tài nguyên địa chất và trữ lượng khoáng sản; tổ chức kiểm tra việc tuân thủ nội dung giấy phép thăm dò khoáng sản, giấy phép khai thác khoáng sản, đề án thăm dò khoáng sản thuộc thẩm quyền cấp phép; kiểm soát hoạt động điều tra cơ bản địa chất, điều tra địa chất về khoáng sản trên phạm vi cả nước.

Về môi trường, Bộ Nông nghiệp và Môi trường chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện việc kiểm soát nguồn ô nhiễm; quản lý chất thải, chất lượng môi trường; cải tạo và phục hồi môi trường; phòng ngừa, ứng phó sự cố môi trường; nội dung, tiêu chí về bảo vệ môi trường nông thôn theo quy định của pháp luật; tổ chức xây dựng, quản lý mạng lưới quan trắc môi trường quốc gia; hướng dẫn bộ, ngành, địa phương về chuyên môn, nhiệm vụ trọng tâm về bảo vệ môi trường; tổng hợp, đề xuất phân bố dự toán ngân sách nhà nước cho hoạt động bảo vệ môi trường của các bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; đề xuất chính sách về thuế, phí bảo vệ môi trường, phát hành trái phiếu xanh và các công cụ kinh tế khác để huy động, sử dụng nguồn lực cho bảo vệ môi trường theo quy định của pháp luật...

Bộ Nông nghiệp và Môi trường có 30 đơn vị gồm: 1- Vụ Hợp tác quốc tế; 2- Vụ Kế hoạch - Tài chính; 3- Vụ Khoa học và Công nghệ; 4- Vụ Pháp chế; 5- Vụ Tổ chức cán bộ; 6- Văn phòng bộ; 7- Thanh tra bộ; 8- Cục Chuyển đổi số; 9- Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật; 10- Cục Chăn nuôi và Thú y; 11- Cục Thủy sản và Kiểm ngư; 12- Cục Lâm nghiệp và Kiểm lâm; 13- Cục Quản lý và Xây dựng công trình thuỷ lợi; 14- Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai; 15- Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn; 16- Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường; 17- Cục Quản lý đất đai; 18- Cục Quản lý tài nguyên nước; 19- Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam; 20- Cục Môi trường; 21- Cục Biến đổi khí hậu; 22- Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học; 23- Cục Khí tượng Thủy văn; 24- Cục Biển và Hải đảo Việt Nam; 25- Cục Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý Việt Nam; 26- Cục Viễn thám quốc gia; 27- Viện Chiến lược, Chính sách nông nghiệp và môi trường; 28- Báo Nông nghiệp và Môi trường; 29- Tạp chí Nông nghiệp và Môi trường; 30- Trung tâm Khuyến nông quốc gia.