Theo Hướng dẫn, việc kiểm toán các tổ chức tài chính, ngân hàng được thực hiện theo Quy trình kiểm toán của Kiểm toán nhà nước, đồng thời quy định cụ thể một số nội dung đặc thù trong hai giai đoạn trọng tâm là chuẩn bị kiểm toán và thực hiện kiểm toán.
Đối tượng áp dụng gồm các đơn vị trực thuộc Kiểm toán nhà nước, các Đoàn kiểm toán nhà nước, kiểm toán viên nhà nước và các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan khi thực hiện kiểm toán đối với các tổ chức tài chính, ngân hàng. Tùy thuộc mục tiêu và tính chất của từng cuộc kiểm toán, có thể áp dụng kiểm toán tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động hoặc kết hợp nhiều loại hình kiểm toán.
Trong giai đoạn chuẩn bị kiểm toán, Hướng dẫn quy định chi tiết việc khảo sát, thu thập thông tin về đơn vị được kiểm toán, trong đó chú trọng đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ, môi trường kiểm soát, tổ chức công tác kế toán, ứng dụng công nghệ thông tin, hoạt động kiểm toán nội bộ và kiểm soát nội bộ. Đoàn kiểm toán phải xây dựng đề cương khảo sát, xác định rõ yêu cầu, nội dung, phạm vi, phương thức thu thập thông tin và được Kiểm toán trưởng phê duyệt trước khi triển khai.
Hướng dẫn cũng yêu cầu thu thập, phân tích toàn diện thông tin về tình hình tài chính, hoạt động kinh doanh, chất lượng tín dụng, nợ xấu, xử lý tài sản bảo đảm, mua bán nợ, các tranh chấp, khiếu nại, tố cáo và các yếu tố có thể ảnh hưởng đến hoạt động của tổ chức tài chính, ngân hàng. Trên cơ sở đó, Đoàn kiểm toán thực hiện đánh giá mức độ tin cậy của hệ thống kiểm soát nội bộ, xác định rủi ro có sai sót trọng yếu và xây dựng kế hoạch kiểm toán phù hợp.
Một nội dung quan trọng của Hướng dẫn là yêu cầu áp dụng phương pháp tiếp cận kiểm toán dựa trên đánh giá rủi ro và xác định trọng yếu. Theo đó, kiểm toán viên nhà nước phải nhận diện, đánh giá các rủi ro đặc thù trong hoạt động tài chính, ngân hàng như rủi ro tín dụng, rủi ro nợ xấu, khả năng thanh toán, hoạt động đầu tư tài chính, góp vốn, kinh doanh chứng khoán, bất động sản cũng như các rủi ro phát sinh từ chính sách tiền tệ, tín dụng và các yếu tố kinh tế - xã hội tác động đến hoạt động của đơn vị được kiểm toán.
Hướng dẫn quy định việc xây dựng Kế hoạch kiểm toán tổng quát phải xác định rõ mục tiêu, nội dung, phạm vi, phương pháp kiểm toán, tiêu chí kiểm toán và trọng yếu kiểm toán. Đối với các cuộc kiểm toán trong lĩnh vực tài chính, ngân hàng, nội dung kiểm toán có thể được lồng ghép giữa kiểm toán tài chính, kiểm toán tuân thủ và kiểm toán hoạt động; tập trung vào các vấn đề như chất lượng tín dụng, phân loại nợ, trích lập dự phòng, cơ cấu lại nợ, xử lý nợ xấu, thực hiện chính sách tiền tệ, tín dụng, ngoại hối và tái cơ cấu hệ thống các tổ chức tín dụng.
Việc ban hành Hướng dẫn kiểm toán các tổ chức tài chính, ngân hàng góp phần hoàn thiện cơ sở pháp lý và nghiệp vụ chuyên ngành, bảo đảm tính thống nhất trong tổ chức thực hiện các cuộc kiểm toán; đồng thời nâng cao chất lượng đánh giá, xác nhận thông tin tài chính, việc tuân thủ pháp luật và hiệu quả quản lý, sử dụng nguồn lực tại các tổ chức tài chính, ngân hàng.
