Theo kết luân thanh tra của Bộ Giáo dục và Đào tạo về trường Tôn Đức Thắng, trong giai đoạn 2018 - 2021 nhà trường đã chủ động xây dựng, ban hành và đưa vào áp dụng nhiều chủ trương, chính sách nhằm thúc đẩy hoạt động nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ.
Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đã đạt được, Trường vẫn còn tồn tại một số hạn chế như từ năm 2019 - 2020, trường có biểu hiện “nôn nóng” trong việc công bố quốc tế, không dựa trên định hướng thế mạnh thực tế của Trường, số lượng công bố quốc tế không dựa vào tiềm lực sẵn có của Trường mà chủ yếu dựa vào cán bộ kiêm nhiệm (trong nước và nước ngoài) ngoài Trường.
Công bố quốc tế của Trường Đại học Tôn Đức Thắng có tác giả là người nước ngoài và cán bộ kiêm nhiệm là người trong nước rất cao, chiếm tới 70% tổng số công bố quốc tế của Trường trong giai đoạn 2019 - 2021.
Thanh tra Bộ Giáo dục và Đào tạo cũng chỉ ra, kinh phí chi cho công bố quốc tế năm 2019, 2020 của trường chiếm tỷ lệ 10-14% nguồn thu từ học phí là không phù hợp.
Trường Đại học Tôn Đức Thắng ký hợp đồng với các nhà khoa học trong và ngoài nước để hợp tác trong nghiên cứu khoa học có nhiều nội dung không phù hợp.
Ngoài ra kết luận thanh tra cũng chỉ ra các kết quả nghiên cứu và công bố quốc tế chủ yếu dựa vào việc hợp tác với các nhà khoa học ngoài trường, đặc biệt là các nhà khoa học nước ngoài.
Kinh phí chi trả cho hoạt động công bố quốc tế không hợp lý, mất cân đối với các nguồn kinh phí đầu tư cho các lĩnh vực hoạt động khác của Nhà trường, chưa có chính sách phù hợp cho hoạt động nghiên cứu khoa học gắn với việc nâng cao chất lượng đào tạo.
