Theo kết luận thanh tra, qua thanh tra phát hiện, một số vi phạm, thiếu sót trong việc giao đất, cho thuê đất, cấp GCN quyền sử dụng đất. Theo đó, UBND tỉnh Kiên Giang chưa ban hành mức thu tiền bảo vệ, phát triển đất trồng lúa nước trên địa bàn tỉnh, dẫn đến chủ đầu tư các dự án có sử dụng đất chuyên trồng lúa nước để chuyển sang mục đích khác không xây dựng phương án thực hiện khai hoang, phục hóa, cải tạo đất lúa khác thành đất chuyên trồng lúa nước được cấp có thẩm quyền phê duyệt, để bổ sung diện tích đất chuyên trồng lúa nước bị mất tại địa phương; hoặc nộp kinh phí để tổ chức thực hiện phương án nêu trên, vi phạm Nghị định Chính phủ và Thông tư của Bộ Tài chính.

Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn không đôn đốc chủ đầu tư các dự án có sử dụng đất rừng để chuyên đối sang mục đích khác lập phương án trồng rừng thay thế để phê duyệt và tổ chức thực hiện, vi phạm quy định của pháp luật về bảo vệ và phát triển rừng.

Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc giao đất, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng từ đất rừng sang mục đích khác khi chủ đầu tư chưa lập phương án trồng rừng thay thế đối với diện tích rừng chuyển sang mục đích khác trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt là chưa đủ điều kiện chuyên mục đích sử dụng rừng sang mục đích không phải lâm nghiệp theo quy định.

UBND tỉnh Kiên Giang chậm triển khai thực hiện điều chỉnh quy hoạch xây dựng phân khu chức năng trong Khu kinh tế Phú Quốc theo Đồ án điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng đảo Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang đến năm 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, dẫn đến Ban Quản lý Khu kinh giao đất, cho thuê đất đối với một số tổ chức để thực hiện dự án đầu tư chưa phù hợp hoặc vượt diện tích so với chi tiêu sử dụng đất đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, vi phạm quy định về Luật Đất đai.

Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Ban Quản lý rừng phòng hộ Phú Quốc và Vườn Quốc gia Phủ Quốc buông lỏng quản lý rừng, dẫn tới tình trạng hộ dân lấn chiếm đất rừng diễn ra trong một thời gian dài nhưng chậm được ngăn chặn xử lý, dẫn đến có một số hộ dân được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất chồng lấn với diện tích đã cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Vườn Quốc gia Phú Quốc, cần phải được xử lý nghiêm.

Cũng theo kết luận thanh tra, về những vi phạm trong việc giao và cho thuê đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại tỉnh Kiên Giang, Thanh tra Chính phủ (TTCP) cho biết UBND tỉnh này không giao cho chủ rừng hoặc đơn vị có chức năng khai thác để tận thu gỗ rừng, vi phạm khoản 2 điều 11 Thông tư 35/2011/TT-BNNPTNT của Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, dẫn đến có nguy cơ gây thất thoát 12.930,65m3 gỗ. Hiện doanh nghiệp đã nộp ngân sách nhà nước (NSNN) 16.290.725.400 đồng tiền tận thu gỗ.

Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra Sở Tài chính Kiên Giang xác định sai giá đất để làm căn cứ thu tiền sử dụng đất đối với Công ty CP Sài Gòn Sovico Phú Quốc, CĐT Dự án KDLST đảo Phú Quốc là chưa đúng quy định tại Nghị định 43/2014/NĐ-CP, phải truy thu về cho ngân sách 17.720.429.168 đồng.

UBND tỉnh Kiên Giang xác nhận ưu đãi, hỗ trợ đầu tư bổ sung cho Công ty TNHH Ngôi Sao, CĐT Dự án KDLST Ngôi Sao - Lucky Star Resort, là chưa đúng quy định pháp luật. Ngân sách nhà nước do đó thất thu 62.089.905.075 đồng, cần sớm thu hồi.

TTCP cũng kết luận Cục Thuế giảm 50% tiền sử dụng đất đối với CĐT của một số DA trên địa bàn huyện Phú Quốc thuộc diện được giao đất trước ngày 1/7/2014 (theo Luật Đất đai 2003) nhưng có thời điểm bàn giao đất thực tế sau ngày 1/7/2014 (thời điểm Luật Đất đai 2013 có hiệu lực) chưa phù hợp với quy định pháp luật, cần thu hồi về ngân sách 255.828.298.156 đồng.

Ngoài ra, đơn vị này còn miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản đối với 10 DA đầu tư khi chưa đủ điều kiện miễn giảm, cần thu hồi về NSNN 53.485.444.029 đồng.

Miễn tiền thuê đất theo chính sách ưu đãi đầu tư của pháp luật đối với 6 tổ chức được Nhà nước cho thuê đất để thực hiện DA đầu tư chưa phù hợp với quy định tại các Thông tư 77/2014/TT-BTC, Thông tư 28/2011/TT-BTC và Thông tư 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính, phải thu hồi về cho ngân sách 93.129.519.956 đồng.

Việc UBND tỉnh Kiên Giang cho phép gia hạn nộp tiền sử dụng đất đối với Công ty CP đầu tư phát triển du lịch Phú Quốc, theo TTCP, chưa phù hợp với quy định tại khoản 2 điều 4 Thông tư 48/2014/TT-BTC, cần truy thu về cho ngân sách 18.700.439.514 đồng. Việc tỉnh này chỉ đạo không phạt chậm nộp đối với Công ty CP Sài Gòn Sovico Phú Quốc cũng được kết luận là trái thẩm quyền, không đúng quy định của Luật Quản lý thuế, cần phải truy thu về cho ngân sách 46.078.141.239 đồng.

Ngoài ra, trong công tác quản lý nhà nước về khoáng sản, TTCP xác định công tác thanh kiểm tra, giám sát đối với hoạt động khai thác khoáng sản ở Kiên Giang chưa được chú trọng, thiếu sự phối hợp đồng bộ giữa cơ quan tài nguyên môi trường và cơ quan thuế trong đối chiếu, xác nhận sản lượng tài nguyên tính thuế, dẫn đến một số tổ chức có hoạt động khai thác khoáng sản vi phạm pháp luật. Qua thanh tra đã phát hiện Công ty Siam City Cement Việt Nam kê khai thiếu sản lượng tài nguyên thực tế khai thác, tương ứng với số tiền thuế tài nguyên phải truy thu về cho ngân sách 2.283.789.883 đồng.

Công tác thanh kiểm tra trong lĩnh vực bảo vệ môi trường chưa được quan tâm đúng mức; thiếu kiểm tra, giám sát đối với các chủ nguồn thải, đặc biệt là CĐT các dự án trong việc thực hiện báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, vi phạm quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường; thiếu kiểm tra, kiểm soát khối lượng đá thực tế khai thác, dẫn đến doanh nghiệp trên kê khai nộp phí bảo vệ môi trường chưa đúng quy định 1.633.325.656 đồng.

Với những tồn tại trên Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Chủ tịch và các Phó chủ tịch UBND tỉnh Kiên Giang có liên quan kiểm điểm trách nhiệm để xảy ra những thiếu sót, vi phạm; tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm và có hình thức xử lý nghiêm đối với các tập thể, cá nhân có sai phạm đã nêu tại kết luận thanh tra.