Theo đó, các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Giao thông vận tải gồm:
1. Viện Khoa học và Công nghệ Giao thông vận tải.
2. Học viện Hàng không Việt Nam.
Học viện Hàng không Việt Nam trực thuộc Bộ Giao thông vận tải.
3. Trường Đại học Hàng hải Việt Nam.
4. Trường Đại học Giao thông vận tải Thành phố Hồ Chí Minh.
5. Trường Đại học Công nghệ Giao thông vận tải.
6. Ban Quản lý dự án đường Hồ Chí Minh.
7. Ban Quản lý dự án Thăng Long.
8. Ban Quản lý dự án 2.
9. Ban Quản lý dự án 6.
10. Ban Quản lý dự án 7.
11. Ban Quản lý dự án 85.
12. Ban Quản lý dự án Hàng hải.
13. Ban Quản lý dự án Đường sắt.
14. Ban Quản lý các dự án Đường thủy.
15. Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận.
16. Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương I.
17. Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương II.
18. Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương III.
19. Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương IV.
20. Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương V.
21. Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương VI.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với các bộ, cơ quan có liên quan tiếp tục rà soát, sắp xếp các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ Giao thông vận tải bảo đảm tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả, phù hợp với quy hoạch mạng lưới đơn vị sự nghiệp công lập thuộc ngành, lĩnh vực và Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Hội nghị lần thứ sáu Ban Chấp hành Trung ương khóa XII "Về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập".
Như vậy, so với Quyết định số 33/QĐ-TTg ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Giao thông vận tải của Thủ tướng Chính phủ ngày 09/01/2018, Bộ Giao thông vận tải đã tăng thêm 1 đơn vị sự nghiệp công lập là Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận.
