Chiếc tàu rời San Diego vào ngày 21 tháng 11 năm 2025, và sự trở về này đã kết thúc tổng thời gian triển khai là 321 ngày. Con số này chỉ kém kỷ lục 326 ngày mà tàu USS Gerald R. Ford thiết lập vào tháng 5, để trở thành chuyến triển khai dài thứ hai trong lịch sử tàu sân bay hiện đại.
Bộ trưởng Chiến tranh Mỹ Pete Hegseth đã đến thăm tàu sân bay Lincoln (còn được gọi là CVN-72) để trao tặng Huân chương Đơn vị Xuất sắc của Tổng thống - phần thưởng cao nhất đối với một đơn vị quân đội Mỹ - cho thủy thủ đoàn của con tàu.
Ông bác bỏ những ý kiến cho rằng con tàu đã trở thành "biểu tượng của sự rối loạn chức năng, biểu tượng của tinh thần sa sút hoặc biểu tượng của một nhiệm vụ thất bại".
Theo nội dung khen ngợi khi trao Huân chương, ông Hegseth lưu ý rằng nhóm đã bắn hạ 77 máy bay không người lái cảm tử và đánh chìm 64 tàu của Iran từ khi bắt đầu Chiến dịch Epic Fury vào ngày 28/2 cho đến khi rời khỏi khu vực vào ngày 22/8.
Nhóm tác chiến tàu sân bay Lincoln cũng đã thực hiện 3.693 phi vụ chiến đấu, cung cấp 1,37 triệu pound đạn dược, phóng 450 tên lửa hành trình tấn công mặt đất Tomahawk, phá hủy 21 tên lửa hành trình chống hạm, cũng như đánh chặn bốn tàu tấn công và các tàu buồm bằng gỗ chở chất nổ.
Chiếc tàu sân bay này đã thu hút sự chú ý của cả nước Mỹ sau những báo cáo về tình trạng căng thẳng, lo ngại về sức khỏe tâm thần và thiếu hụt thực phẩm cũng như các sản phẩm vệ sinh trong suốt quá trình triển khai của quân đội Mỹ ở Trung Đông.
Ban đầu, Hải quân Mỹ đã xem nhẹ các vấn đề nhưng sau đó thừa nhận một số vấn đề trên tàu, bao gồm việc giảm bớt các lựa chọn bữa ăn do nguồn cung cấp hạn chế.
Ngoài ra, Hải quân Mỹ cũng thông báo với các nhà lập pháp Mỹ rằng 8 thủy thủ đã cố gắng tự tử trong suốt đợt triển khai. Các chuyên gia cho rằng con số này tương đối thấp đối với một nhóm tác chiến gồm khoảng 6.000 người trong hơn 10 tháng.
Tàu Lincoln rời California vào tháng 11 năm 2025 để làm nhiệm vụ ở Biển Đông và được điều hướng đến Trung Đông trước khi các cuộc tấn công của Mỹ và Israel vào Iran bắt đầu vào tháng 2 năm 2026.