Quy chế quy định về chế độ làm việc, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của thành viên Ban chỉ huy, cơ quan thường trực; quy trình giải quyết công việc và mối quan hệ công tác của Ban chỉ huy.
Ban chỉ huy làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, bảo đảm nguyên tắc tập trung dân chủ, phát huy trí tuệ tập thể, đề cao quyền hạn và trách nhiệm của các thành viên trong Ban chỉ huy, tuân thủ quy định của Bộ Quốc phòng và các quy định của quy chế.
Trưởng ban chỉ huy là Bộ trưởng Bộ Quốc phòng; đồng chí Chủ nhiệm Tổng cục Chính trị Quân đội nhân dân Việt Nam giúp Trưởng ban chỉ đạo một số mặt công tác liên quan đến hoạt động PTDS; đồng chí Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam là Phó trưởng ban Thường trực; các ủy viên gồm chủ nhiệm các tổng cục: Hậu cần-Kỹ thuật, Công nghiệp quốc phòng, Tổng cục II; tư lệnh các quân khu, quân chủng, Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển Việt Nam, Bộ tư lệnh Thủ đô Hà Nội; tư lệnh các binh chủng và một số đồng chí cục trưởng thuộc cơ quan Bộ Quốc phòng.
Cơ quan thường trực Ban chỉ huy là Cục Cứu hộ-Cứu nạn (Bộ Tổng Tham mưu Quân đội nhân dân Việt Nam), có nhiệm vụ: Duy trì hệ thống ứng trực PTDS; xây dựng chương trình công tác của Ban chỉ huy; bảo đảm hoạt động của Ban chỉ huy; chủ trì các cuộc họp đột xuất xử lý những công việc ngoài kế hoạch công tác của Ban chỉ huy liên quan đến nhiệm vụ PTDS; đôn đốc triển khai thực hiện quy chế hoạt động của Ban chỉ huy, kế hoạch công tác, các công việc thường xuyên, đột xuất của Ban chỉ huy. Phối hợp với cơ quan liên quan chuẩn bị điều kiện cần thiết phục vụ hoạt động Ban chỉ huy, đoàn công tác Ban chỉ huy kiểm tra, đôn đốc công tác ứng phó, khắc phục hậu quả sự cố, thảm họa...
Ngoài ra, quy chế còn quy định phạm vi giải quyết công việc của Trưởng ban chỉ huy các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng; quan hệ công tác giữa Ban chỉ huy Bộ Quốc phòng với Ban chỉ huy các cơ quan, đơn vị; chế độ họp, hội nghị, thông tin, báo cáo; điều khoản thi hành...
Trong quyết định ban hành quy chế yêu cầu các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng ban hành quy chế tổ chức, hoạt động Ban chỉ huy PTDS cấp mình phù hợp với Quy chế tổ chức, hoạt động Ban chỉ huy PTDS Bộ Quốc phòng.
