Liên quan đến vấn đề này, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đánh giá cao nỗ lực của Bộ Nông nghiệp và Môi trường trong việc chủ động, khẩn trương xây dựng dự thảo Nghị quyết nhằm thể chế hóa chủ trương của Đảng và chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về cắt giảm, phân cấp, đơn giản hoá thủ tục hành chính và điều kiện đầu tư kinh doanh.
Tuy nhiên, VCCI đề nghị Bộ Nông nghiệp và Môi trường tiếp tục rà soát, đánh giá để trong các đợt cải cách tiếp theo có thể mở rộng phạm vi cắt giảm, đơn giản hóa thủ tục hành chính và điều kiện đầu tư kinh doanh, hướng tới mục tiêu cắt giảm ít nhất 30% điều kiện đầu tư kinh doanh và 50% thời gian giải quyết, 50% chi phí tuân thủ thủ tục hành chính so với năm 2024.
Trên cơ sở tổng hợp phản ánh của cộng đồng doanh nghiệp, VCCI nhận thấy còn một số vướng mắc thuộc phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và Môi trường chưa được đề cập trong dự thảo Nghị quyết lần này, đề nghị Bộ nghiên cứu, xem xét giải quyết trong các đợt cải cách tiếp theo hoặc trong dự thảo Thông tư sửa đổi đang được xây dựng song song.
Thứ nhất, Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) phản ánh hiện chưa có quy định và hướng dẫn cụ thể về quy trình kiểm dịch, kiểm tra an toàn thực phẩm đối với các lô hàng thủy sản chuyển đổi mục đích sử dụng (từ nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu sang tiêu thụ nội địa hoặc ngược lại), dẫn đến hàng hóa phải chờ đợi tại cảng, phát sinh chi phí lưu kho bãi và làm giảm chất lượng hàng tươi sống.
Vì vậy, VCCI đề nghị Bộ sớm ban hành hướng dẫn thống nhất về quy trình kiểm tra chuyên ngành đối với trường hợp này, áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro để cho phép thông quan nhanh và hậu kiểm tại kho của doanh nghiệp.
Thứ hai, VASEP cũng phản ánh quy định tại Luật Bảo vệ môi trường 2020 về việc doanh nghiệp trong khu công nghiệp bắt buộc đấu nối nước thải vào hệ thống xử lý tập trung đang làm phát sinh cơ chế xử lý hai cấp.
Điều này khiến chi phí xử lý nước thải của doanh nghiệp thủy sản tăng lên khoảng 21.000–23.500 đồng/m3, gần gấp đôi so với phương án doanh nghiệp tự đầu tư hệ thống xử lý đạt chuẩn ngay từ đầu (khoảng 10.000–12.000 đồng/m3).
Với khoảng 700 nhà máy chế biến thủy sản trong khu công nghiệp, chi phí tăng thêm ước tính khoảng 200 tỷ đồng mỗi tháng cho toàn ngành.
Trước thực tế này, VASEP kiến nghị sửa đổi quy định này tại Luật Bảo vệ Môi trường theo hướng linh hoạt hơn, cho phép doanh nghiệp lựa chọn giữa hai phương án: Đấu nối vào hệ thống xử lý tập trung hoặc không đấu nối có điều kiện.
Đây là nội dung liên quan đến sửa đổi Luật Bảo vệ môi trường do Bộ Nông nghiệp và Môi trường chủ trì. VASEP cho rằng đề xuất này phù hợp với thông lệ quốc tế, đồng thời góp phần giảm chi phí tuân thủ và tạo điều kiện thuận lợi hơn cho hoạt động của doanh nghiệp.
Thứ ba, Hiệp hội Giấy và Bột giấy Việt Nam phản ánh mức ký quỹ bảo vệ môi trường đối với nhập khẩu phế liệu (từ 15% đến 20% tổng giá trị lô hàng) theo Nghị định số 08/2022 hiện nay là quá cao, gây ứ đọng vốn lưu động nghiêm trọng cho các doanh nghiệp sản xuất quy mô lớn, trong khi hầu hết doanh nghiệp chính quy đều tuân thủ tốt các tiêu chuẩn môi trường.
VCCI đề nghị Bộ xem xét điều chỉnh giảm mức ký quỹ đối với các doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ môi trường tốt, đồng thời thiết lập cơ chế hoàn trả ký quỹ nhanh hơn sau khi hàng hóa được thông quan.
Thứ tư, Hiệp hội Vận tải ô tô Việt Nam phản ánh quy định tại Mẫu số 1 và số 2, Phụ lục II Thông tư số 07/2026 yêu cầu doanh nghiệp vận tải phải kê khai tên người xuất khẩu trên Đơn đề nghị cấp phép kiểm dịch đối với hàng nông sản quá cảnh là không khả thi, vì doanh nghiệp vận tải chỉ là đơn vị trung gian, không có quan hệ trực tiếp với người xuất khẩu phía nước ngoài.
VCCI đề nghị Bộ sửa đổi biểu mẫu theo hướng loại bỏ yêu cầu này đối với hàng hóa quá cảnh trong dự thảo Thông tư sửa đổi đang được xây dựng.
Thứ năm, Hiệp hội Sữa Việt Nam phản ánh các sản phẩm sữa đã tiệt trùng, đóng gói kín vẫn bị yêu cầu kiểm dịch động vật khi vận chuyển ra khỏi địa bàn tỉnh nơi đặt nhà máy theo Phụ lục II Thông tư số 01/2026, mâu thuẫn với tiêu chuẩn của Tổ chức Thú y Thế giới (WOAH) và phát sinh chi phí tuân thủ lớn mà không thực sự nâng cao hiệu quả quản lý dịch bệnh.
Đề nghị Bộ sửa đổi Thông tư theo hướng miễn kiểm dịch thú y đối với sữa và sản phẩm sữa đã qua chế biến tại các nhà máy đạt chuẩn ISO, HACCP khi vận chuyển lưu thông trong nước.
Cuối cùng, Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam phản ánh tình trạng ách tắc trong hoàn thuế giá trị gia tăng do cơ quan thuế đẩy trách nhiệm xác minh nguồn gốc lâm sản sang doanh nghiệp, trong khi đây vốn là chức năng của ngành kiểm lâm thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
Đề nghị Bộ phối hợp với Bộ Tài chính phân định rõ trách nhiệm xác minh nguồn gốc lâm sản thuộc về ngành kiểm lâm, để cơ quan thuế chỉ căn cứ trên hóa đơn và chứng từ hợp lệ khi giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp xuất khẩu gỗ.
