Trình bày tóm tắt báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật, Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Tài chính của Quốc hội Phan Văn Mãi cho biết, trong các nội dung đáng chú ý của dự thảo Luật là đề xuất cho phép doanh nghiệp được khấu trừ 200% chi phí thực tế cho hoạt động nghiên cứu và phát triển, bao gồm cả chi phí thử nghiệm và triển khai công nghệ mới khi tính thu nhập chịu thuế.
Theo Ủy ban Kinh tế và Tài chính, về vấn đề này, dự thảo Luật đã quy định theo hướng cho phép doanh nghiệp được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế khoản chi phí bổ sung áp dụng cho hoạt động nghiên cứu và phát triển của doanh nghiệp, tính theo tỉ lệ phần trăm trên chi phí thực tế và giao Chính phủ quy định chi tiết về mức chi được trừ bổ sung, điều kiện và phạm vi áp dụng... Việc không quy định mức cụ thể trong luật nhằm đảm bảo tính linh hoạt trong thực thi chính sách, phù hợp với điều kiện ngân sách và thực tiễn từng thời kỳ.
Một ý kiến khác cho rằng, việc không áp dụng thuế suất ưu đãi (15%, 17%) cho doanh nghiệp là công ty con hoặc có quan hệ liên kết là chưa hợp lý. Song, theo Ủy ban Kinh tế và Tài chính, quy định này nhằm tránh tình trạng lợi dụng chính sách, chia tách doanh nghiệp để được hưởng ưu đãi thuế. Các doanh nghiệp vừa và nhỏ nếu có quan hệ liên kết với doanh nghiệp lớn thì về bản chất không còn là doanh nghiệp vừa và nhỏ theo đúng nghĩa. Nghị quyết số 198/NQ-QH15 cũng đã dành những ưu đãi riêng, thậm chí cao hơn, cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp khởi nghiệp và doanh nghiệp công nghệ cao.
Liên quan đến tiêu chí áp dụng thuế suất ưu đãi, dự thảo Luật quy định dựa trên doanh thu nhằm đảm bảo phù hợp thực tiễn, tạo thuận lợi trong thực hiện, và không mâu thuẫn với Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.
Tiếp thu ý kiến đại biểu Quốc hội, Thường trực Ủy ban Kinh tế và Tài chính cho rằng, để bảo đảm tính rõ ràng, cụ thể, tránh các vướng mắc trong quá trình thực hiện, dự thảo Luật đã bổ sung quy định: "trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập, thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất". Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng đủ điều kiện hưởng ưu đãi, cơ quan chức năng sẽ thực hiện thu hồi và xử phạt theo quy định.
Về đề nghị bổ sung ưu đãi đối với lĩnh vực công nghiệp hóa chất trọng điểm, ứng dụng và thử nghiệm; sản xuất quốc phòng, an ninh, sản xuất sản phẩm động viên công nghiệp quốc phòng, an ninh theo quy định của pháp luật về công nghiệp quốc phòng, an ninh, Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế - Tài chính Phan Văn Mãi cho biết, tiếp thu ý kiến đại biểu Quốc hội và trên cơ sở đề nghị của Thường trực Ủy ban Quốc phòng, An ninh và Đối ngoại, Bộ Công thương - Cơ quan chủ trì soạn thảo Luật Hóa chất (sửa đổi), dự thảo Luật đã bổ sung các ngành nghề “sản xuất quốc phòng, an ninh và sản xuất sản phẩm động viên công nghiệp theo quy định của pháp luật; sản xuất sản phẩm công nghiệp hóa chất trọng điểm và sản phẩm cơ khí trọng điểm theo quy định của pháp luật” vào các ngành, nghề được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
Ngoài những nội dung nêu trên, các đại biểu Quốc hội đã thảo luận về nhiều vấn đề khác như thu nhập chịu thuế, thu nhập được miễn thuế, phương pháp tính thuế, doanh thu, các khoản chi được trừ và không được trừ… Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Tài chính nhấn mạnh, trên cơ sở ý kiến chỉ đạo của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Thường trực Ủy ban sẽ tiếp tục phối hợp với cơ quan soạn thảo và các bên liên quan để hoàn thiện dự thảo Luật theo quy định.
Thảo luận về dự thảo Luật, các ý kiến phát biểu của Ủy ban Thường vụ Quốc nhất trí với các nội dung báo cáo của Ủy ban Kinh tế và Tài chính, đề nghị Ủy ban phối hợp với cơ quan chủ trì soạn thảo làm rõ một số vấn đề mà các đại biểu Quốc hội còn chưa rõ, nhiều ý kiến khác nhau để hoàn thiện dự thảo Luật.
Kết luận phần thảo luận về dự thảo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (sửa đổi), Phó Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Đức Hải cho biết Thống nhất với đề xuất của Thường trực Ủy ban Kinh tế và Tài chính về việc không áp dụng thuế suất ưu đãi 15% - 17% với doanh nghiệp, công ty con hoặc công ty có quan hệ liên kết và các quy định áp dụng thuế suất ưu đãi dựa trên tiêu chí doanh thu; đề nghị Ủy ban Kinh tế và Tài chính rà soát hoàn thiện ý kiến giải trình bảo đảm tính thuyết phục khi trình Quốc hội xem xét, thông qua dự án Luật.
